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万見
- SASDFN8: Apoferritin from horse spleen - SEC-SAXS coupled to multiangle la... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFN8
試料Apoferritin from horse spleen - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
  • Apoferritin light chain (protein), Equus caballus
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / autophagosome / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
登録者
  • Melissa Graewert
  • Cy M Jeffries

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3208
タイプ: dummy / ソフトウェア: (SUPCOMB 23 (r9988)) / ダミー原子の半径: 2.70 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.074 / P-value: 0.577890
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モデル #3209
タイプ: dummy / ソフトウェア: (DAMFILT 5.0 (r10552)) / ダミー原子の半径: 4.00 A / カイ2乗値: 1.074 / P-value: 0.577890
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モデル #3210
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P432 / カイ2乗値: 5.88
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モデル #3212
タイプ: atomic / ソフトウェア: (PDB) / カイ2乗値: 8.846
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試料

試料名称: Apoferritin from horse spleen - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
試料濃度: 11 mg/ml
バッファ名称: 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2% v/v glycerol, / pH: 7 / コメント: Running buffer for SEC-SAXS
要素 #1766タイプ: protein / 記述: Apoferritin light chain / 分子量: 19.977 / 分子数: 24 / 由来: Equus caballus / 参照: UniProt: P02791
配列:
MSSQIRQNYS TEVEAAVNRL VNLYLRASYT YLSLGFYFDR DDVALEGVCH FFRELAEEKR EGAERLLKMQ NQRGGRALFQ DLQKPSQDEW GTTLDAMKAA IVLEKSLNQA LLDLHALGSA QADPHLCDFL ESHFLDEEVK LIKKMGDHLT NIQRLVGSQA GLGEYLFERL TLKHD

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.123982 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 6M
スキャン
タイトル: Apoferritin from horse spleen - SEC-SAXS coupled to multiangle laser and quasi-elastic light scattering (MALLS and QELS)
測定日: 2019年4月5日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 85 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0923 7.213
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1377 /
MinMax
Q0.0923306 3.89591
P(R) point1 1377
R0 12.5
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: Apoferritin underwent pre-purification prior SEC-SAXS using the following method. All procedures were performed at 4 oC. An apoferritin stock solution (from equine spleen supplied in ca. ...コメント: Apoferritin underwent pre-purification prior SEC-SAXS using the following method. All procedures were performed at 4 oC. An apoferritin stock solution (from equine spleen supplied in ca. 50% v/v glycerol; Sigma Gel Filtration Markers Kit MWGF1000) was diluted two-fold in 25 mM HEPES, 50 mM NaCl, 5 mM urea, 1% v/v glycerol, pH 7. Approximately 200 μl of sample were loaded onto a Superose 6 Increase 10/300 column (GE Healthcare) equilibrated in the same buffer (flow rate = 0.4 ml/min). Fractionated aliquots corresponding to the highest absorbing peak (estimated using UV A280 and UV A245 nm) were pooled and concentrated (30 kDa centrifuge spin filter) to a final concentration of 11 mg/ml (the concentration was determined from triplicate UV A280 measurements using an E0.1% of 0.729 (= 1 g/l) calculated from the amino acid sequence (ProtParam)). Approximately 50 μl aliquots were snap-frozen in liquid nitrogen then stored at -80 oC prior to the SEC-SAXS analysis that was performed at room temperature in 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2% v/v glycerol, pH 7. The Rg-correlation through the SEC-SAXS peak, the individual unsubtracted SEC-SAXS frames as well as the results from coupled MALLS and QELS analysis are included in the full entry zip archive. The quoted experimental molecular weight was determined using MALLS in combination with refractive-index (RI) measurements that were recorded from the same sample eluting from the column using a split-flow SEC-SAXS-light scattering configuration (Graewert et al., (2015) Sci. Reports. 5, 10734: doi: 10.1038/srep10734). The average hydrodynamic radius of the protein is 6.7 nm.
実験値Porod
分子量454 kDa424 kDa
体積-679 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I050700 50957.8 21
慣性半径, Rg 5.222 nm5.35 nm-

MinMax
D-12.5
Guinier point1 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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