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万見
- SASDA98: Thyroglobulin in Tris/HCl (Thyroglobulin) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDA98
試料Thyroglobulin in Tris/HCl
  • Thyroglobulin (protein), Bos taurus
機能・相同性
機能・相同性情報


hormone biosynthetic process / thyroid hormone generation / hormone activity / histone binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Thyroglobulin / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like ...: / Thyroglobulin / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
引用年: 2007
タイトル: Accuracy of molecular mass determination of proteins in solution by small-angle X-ray scattering
著者: "Mylonas E", "Svergun D"
登録者
  • Efstratios Mylonas (EMBL-Hamburg, FORTH, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Foundation for Research and Technology-Hellas, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany, Heraklion, Greece)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #316
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 6.10 A / カイ2乗値: 16.507969
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Thyroglobulin in Tris/HCl / 試料濃度: 3.9 mg/ml
バッファ名称: Tris/HCl / 濃度: 100.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 100 mM NaCl
要素 #182タイプ: protein / 記述: Thyroglobulin / 分子量: 303.218 / 分子数: 2 / 由来: Bos taurus / 参照: UniProt: P01267
配列: MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRPA ACLSFCQLQK QQILLSSYIN STATSYLPQC QDSGDYSPVQ CDLRRRQCWC VDAEGMEVYG TRQQGRPARC PRSCEIRNRR ...配列:
MALALWVFGL LDLICLASAN IFEYQVDAQP LRPCELQRER AFLKREDYVP QCAEDGSFQT VQCGKDGASC WCVDADGREV PGSRQPGRPA ACLSFCQLQK QQILLSSYIN STATSYLPQC QDSGDYSPVQ CDLRRRQCWC VDAEGMEVYG TRQQGRPARC PRSCEIRNRR LLHGVGDRSP PQCSPDGAFR PVQCKLVNTT DMMIFDLVHS YSRFPDAFVT FSSFRSRFPE VSGYCYCADS QGRELAETGL ELLLDEIYDT IFAGLDLAST FAETTLYRIL QRRFLAVQLV ISGRFRCPTK CEVERFAATS FRHPYVPSCH PDGEYQAAQC QQGGPCWCVD SRGQEIPGTR QRGEPPSCAE DQSCPSERRR AFSRLRFGPS GYFSRRSLLL APEEGPVSQR FARFTASCPP SIKELFLDSG IFQPMLQGRD TRFVAPESLK EAIRGLFPSR ELARLALQFT TNAKRLQQNL FGGRFLVKVG QFNLSGALGT RGTFNFSHFF QQLGLPGFQD GRALADLAKP LSVGLNSNPA SEAPKASKID VALRKPVVGS FGFEVNLQEN QNALQFLSSF LELPEFLLFL QHAISVPEDI ARDLGDVMEM VFSSQGCGQA PGSLFVPACT AEGSYEEVQC FAGDCWCVDA QGRELAGSRV RGGRPRCPTE CEKQRARMQS LLGSQPAGSS LFVPACTSKG NFLPVQCFNS ECYCVDTEGQ PIPGTRSALG EPKKCPSPCQ LQAERAFLGT VRTLVSNPST LPALSSIYIP QCSASGQWSP VQCDGPPEQA FEWYERWEAQ NSAGQALTPA ELLMKIMSYR EAASRNFRLF IQNLYEAGQQ GIFPGLARYS SFQDVPVSVL EGNQTQPGGN VFLEPYLFWQ ILNGQLDRYP GPYSDFSAPL AHFDLRSCWC VDEAGQKLEG TRNEPNKVPA CPGSCEEVKL RVLQFIREAE EIVTYSNSSR FPLGESFLAA KGIRLTDEEL AFPPLSPSRE TFLEKFLSGS DYAIRLAAQS TFDFYQRRLV TLAESPRAPS PVWSSAYLPQ CDAFGGWEPV QCHAATGHCW CVDGKGEYVP TSLTARSRQI PQCPTSCERL RASGLLSSWK QAGVQAEPSP KDLFIPTCLE TGEFARLQAS EAGTWCVDPA SGEGVPPGTN SSAQCPSLCE VLQSGVPSRR TSPGYSPACR AEDGGFSPVQ CDPAQGSCWC VLGSGEEVPG TRVAGSQPAC ESPQCPLPFS VADVAGGAIL CERASGLGAA AGQRCQLRCS QGYRSAFPPE PLLCSVQRRR WESRPPQPRA CQRPQFWQTL QTQAQFQLLL PLGKVCSADY SGLLLAFQVF LLDELTARGF CQIQVKTAGT PVSIPVCDDS SVKVECLSRE RLGVNITWKL QLVDAPPASL PDLQDVEEAL AGKYLAGRFA DLIQSGTFQL HLDSKTFSAD TSIRFLQGDR FGTSPRTQFG CLEGFGRVVA ASDASQDALG CVKCPEGSYF QDEQCIPCPA GFYQEQAGSL ACVPCPEGRT TVYAGAFSQT HCVTDCQKNE VGLQCDQDSQ YRASQRDRTS GKAFCVDGEG RRLPWTEAEA PLVDAQCLVM RKFEKLPESK VIFSADVAVM VRSEVPGSES SLMQCLADCA LDEACGFLTV STAGSEVSCD FYAWASDSIA CTTSGRSEDA LGTSQATSFG SLQCQVKVRS REGDPLAVYL KKGQEFTITG QKRFEQTGFQ SALSGMYSPV TFSASGASLA EVHLFCLLAC DHDSCCDGFI LVQVQGGPLL CGLLSSPDVL LCHVRDWRDP AEAQANASCP GVTYDQDSRQ VTLRLGGQEI RGLTPLEGTQ DTLTSFQQVY LWKDSDMGSR SESMGCRRDT EPRPASPSET DLTTGLFSPV DLIQVIVDGN VSLPSQQHWL FKHLFSLQQA NLWCLSRCAG EPSFCQLAEV TDSEPLYFTC TLYPEAQVCD DILESSPKGC RLILPRRPSA LYRKKVVLQD RVKNFYNRLP FQKLTGISIR NKVPMSDKSI SSGFFECERL CDMDPCCTGF GFLNVSQLKG GEVTCLTLNS LGLQTCSEEY GGVWRILDCG SPDTEVRTYP FGWYQKPVSP SDAPSFCPSV ALPALTENVA LDSWQSLALS SVIVDPSIRN FDVAHISTAA VGNFSAARDR CLWECSRHQD CLVTTLQTQP GAVRCMFYAD TQSCTHSLQA QNCRLLLHEE ATYIYRKPNI PLPGFGTSSP SVPIATHGQL LGRSQAIQVG TSWKPVDQFL GVPYAAPPLG EKRFRAPEHL NWTGSWEATK PRARCWQPGI RTPTPPGVSE DCLYLNVFVP QNMAPNASVL VFFHNAAEGK GSGDRPAVDG SFLAAVGNLI VVTASYRTGI FGFLSSGSSE LSGNWGLLDQ VVALTWVQTH IQAFGGDPRR VTLAADRGGA DIASIHLVTT RAANSRLFRR AVLMGGSALS PAAVIRPERA RQQAAALAKE VGCPSSSVQE MVSCLRQEPA RILNDAQTKL LAVSGPFHYW GPVVDGQYLR ETPARVLQRA PRVKVDLLIG SSQDDGLINR AKAVKQFEES QGRTSSKTAF YQALQNSLGG EAADAGVQAA ATWYYSLEHD SDDYASFSRA LEQATRDYFI ICPVIDMASH WARTVRGNVF MYHAPESYSH SSLELLTDVL YAFGLPFYPA YEGQFTLEEK SLSLKIMQYF SNFIRSGNPN YPHEFSRRAP EFAAPWPDFV PRDGAESYKE LSVLLPNRQG LKKADCSFWS KYIQSLKASA DETKDGPSAD SEEEDQPAGS GLTEDLLGLP ELASKTYSK

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: Thyroglobulin / 測定日: 2006年5月19日 / セル温度: 20 °C / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.097 4.9563
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 512 /
MinMax
Q0.121 4.791
P(R) point10 521
R0 24
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Thyroglobulin contains glycans and extra iodines, for these reasons the molecular weight based on the sequence (606 kDa) does not agree with the experimentally calculated one (622 kDa).
実験値Standard
分子量622 kDa622 kDa

P(R)Guinier
前方散乱 I02331 2510.92
慣性半径, Rg 7.41 nm7.86 nm

MinMax
D-24
Guinier point9 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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