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万見
- SASDFC5: Enhanced disease susceptibility 1 (EDS1) (Enhanced disease suscep... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFC5
試料Enhanced disease susceptibility 1 (EDS1)
  • Enhanced disease susceptibility (protein), EDS1, Arabidopsis thaliana
機能・相同性
機能・相同性情報


aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / chloroplast ...aerenchyma formation / EDS1 disease-resistance complex / leaf abscission / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to singlet oxygen / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / chloroplast / lipid metabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EDS1, EP domain / EDS1-like / Enhanced disease susceptibility 1 protein EP domain / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
登録者
  • Martin Voss (University of cologne)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2806
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.60 A / カイ2乗値: 0.824 / P-value: 0.059642
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Enhanced disease susceptibility 1 (EDS1) / 試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 50 mM NaCl, 50 mM HEPES, 1% glyercol, 1 mM DTT / pH: 8
要素 #1480名称: EDS1 / タイプ: protein / 記述: Enhanced disease susceptibility / 分子量: 71.689 / 分子数: 1 / 由来: Arabidopsis thaliana / 参照: UniProt: Q9SU72
配列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAFL KNLEAIIDPR TSFQASVEMA VRSRKQIVFT GHSSGGATAI LATVWYLEKY FIRNPNVYLE PRCVTFGAPL VGDSIFSHAL ...配列:
MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAFL KNLEAIIDPR TSFQASVEMA VRSRKQIVFT GHSSGGATAI LATVWYLEKY FIRNPNVYLE PRCVTFGAPL VGDSIFSHAL GREKWSRFFV NFVSRFDIVP RIMLARKASV EETLPHVLAQ LDPRKSSVQE SEQRITEFYT RVMRDTSTVA NQAVCELTGS AEAFLETLSS FLELSPYRPA GTFVFSTEKR LVAVNNSDAI LQMLFYTSQA SDEQEWSLIP FRSIRDHHSY EELVQSMGKK LFNHLDGENS IESTLNDLGV STRGRQYVQA ALEEEKKRVE NQKKIIQVIE QERFLKKLAW IEDEYKPKCQ AHKNGYYDSF KVSNEENDFK ANVKRAELAG VFDEVLGLMK KCQLPDEFEG DIDWIKLATR YRRLVEPLDI ANYHRHLKNE DTGPYMKRGR PTRYIYAQRG YEHYILKPNG MIAEDVFWNK VNGLNLGLQL EEIQETLKNS GSECGSCFWA EVEELKGKPY EEVEVRVKTL EGMLGEWITD GEVDDKEIFL EGSTFRKWWI TLPKNHKSHS PLRDYMMDEI TDT

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.867 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Enhanced disease susceptibility 1 (EDS1) / 測定日: 2015年5月19日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 1495 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0364 4.9389
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 512 /
MinMax
Q0.229265 2.6335
P(R) point1 512
R0 10.53
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The data were re-binned to calculate the p(r) profile and corresponding model fit.
実験値Porod
分子量72 kDa58 kDa
体積-92 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I0152.6 151.87 0.47
慣性半径, Rg 3.08 nm3.09 nm0.02

MinMax
D-10.53
Guinier point23 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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