SASDEN9: HcpR transcriptional regulator of Porphyromonas gingivalis

IDまたはキーワード:

登録情報	データベース: SASBDB / ID: SASDEN9
試料	HcpR transcriptional regulator of Porphyromonas gingivalis Hcp Transcriptional regulator (protein), HcpR, Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83)
機能・相同性	機能・相同性情報 regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 Transcriptional regulator, putative 類似検索 - 構成要素
生物種	Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
引用	日付: 2019 Apr 1 タイトル: Nitrosative stress sensing in Porphyromonas gingivalis: structure of and heme binding by the transcriptional regulator HcpR 著者: Belvin B / Musayev F / Burgner J / Scarsdale J / Escalante C
登録者	Benjamin Belvin (Virginia Commonwelath University)

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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Data source

SASBDBのページ	SASDEN9

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類似構造データ	1kzq-d 4wn4-d 4q95-2 5fuc-1 3dev-d 4ud7-d 4ilt-d 5xsp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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外部リンク

「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (4)

モデル #2770	タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.655 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2771	タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.655 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2772	タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.655 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料	名称: HcpR transcriptional regulator of Porphyromonas gingivalis 試料濃度: 2 mg/ml
バッファ	名称: 25 mM Tris 150 mM NaCl 1mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1416	名称: HcpR / タイプ: protein / 記述: Hcp Transcriptional regulator / 分子量: 25.495 / 分子数: 2 由来: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) 参照: UniProt: Q7MVK4 配列: MDPEFDLLLK AWKSSGLSVG MKDDELLALL ESCSYRVERL KAEELYAIGG DKLQDLRIVG VGEIRAEMVG PSGKQILIDT LAVGRILAPA LLFASENILP VTLFANEDSV LFRIGKEEFK GMMHKYPTLM ENFIGMISDI SAFLMKKIHQ LSLRSLQGKI GDYLFQLYTK ...配列: MDPEFDLLLK AWKSSGLSVG MKDDELLALL ESCSYRVERL KAEELYAIGG DKLQDLRIVG VGEIRAEMVG PSGKQILIDT LAVGRILAPA LLFASENILP VTLFANEDSV LFRIGKEEFK GMMHKYPTLM ENFIGMISDI SAFLMKKIHQ LSLRSLQGKI GDYLFQLYTK DGSNRIVVES SWKELSDRFG VNRQSLARSL SQLEEEGIIR VDGKSIEILQ PNRLSRL

ビーム

設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA

/ 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.5 mm

検出器

名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm

スキャン

タイトル: HcpR transcriptional regulator of Porphyromonas gingivalis
測定日: 2014年1月24日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 21 °C / 照射時間: 60 sec. / 単位: 1/A /

	Min	Max
Q	0.0143	0.3256

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 418 /

	Min	Max
Q	0.022805	0.276371
P(R) point	1	418
R	0	105.3

結果

カーブのタイプ: single_conc /

	実験値	Porod
分子量	44.03 kDa	48 kDa
体積	-	76 nm³

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	283.1	0.9	282.9	0.57
慣性半径, Rg	2.93 nm	0.01	2.89 nm	0.05

	Min	Max
D	-	10.5
Guinier point	15	51

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