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万見
- SASDEC8: Bacillus thuringiensis LexA repressor bound to Bacteriophage pGIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEC8
試料Bacillus thuringiensis LexA repressor bound to Bacteriophage pGIL01 gp7 (Bt_LexA_GIL01_gp7)
  • Bacillus thuringiensis LexA repressor (protein), LexA, Bacillus thuringiensis
  • Bacteriophage pGIL01 gp7 (protein), gp7, Bacteriophage pGIL01
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor LexA / SOS response / DNA replication / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
LexA repressor / Gene regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis (バクテリア)
Bacteriophage pGIL01
引用日付: 2019 May
タイトル: Structural Insights into Bacteriophage GIL01 gp7 Inhibition of Host LexA Repressor
著者: Caveney N / Pavlin A / Caballero G / Bahun M / Hodnik V / de Castro L / Fornelos N / Butala M
登録者
  • Nathanael Caveney (University of British Columbia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2676
タイプ: atomic
コメント: I-TASSER, ClusPro, ModLoop model of LexA-gp7 complex
カイ2乗値: 6.158
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2677
タイプ: atomic
コメント: I-TASSER, ClusPro, ModLoop model of LexA-gp7 complex in SREFLEX, restrained
カイ2乗値: 2.580 / P-value: 0.000002
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2678
タイプ: atomic
コメント: I-TASSER, ClusPro, ModLoop model of LexA-gp7 complex in SREFLEX, unrestrained
カイ2乗値: 1.899 / P-value: 0.000040
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Bacillus thuringiensis LexA repressor bound to Bacteriophage pGIL01 gp7 (Bt_LexA_GIL01_gp7)
試料濃度: 0.75-12.00 / Entity id: 1376 / 1377
バッファ名称: 20 mM Hepes, 300 mM NaCl, 10% glycerol, / pH: 8
要素 #1376名称: LexA / タイプ: protein / 記述: Bacillus thuringiensis LexA repressor / 分子量: 23.394 / 分子数: 2 / 由来: Bacillus thuringiensis / 参照: UniProt: A0A2B4EEI3
配列: MLENMEKLTK RQQDILDFIK LKVQEKGYPP SVREIGQAVG LASSSTVHGH LSRLEEKGYI RRDPTKPRAI EILGEDRMDT ETQSVIQVPI VGKVTAGLPI TAVESVEEHF PLPASIVSGA DQVFMLRISG DSMIEAGIFD GDLVVVRQQQ SAYNGEIVVA LTEDNEATVK ...配列:
MLENMEKLTK RQQDILDFIK LKVQEKGYPP SVREIGQAVG LASSSTVHGH LSRLEEKGYI RRDPTKPRAI EILGEDRMDT ETQSVIQVPI VGKVTAGLPI TAVESVEEHF PLPASIVSGA DQVFMLRISG DSMIEAGIFD GDLVVVRQQQ SAYNGEIVVA LTEDNEATVK RFYKEKDHFR LQPENSSLEP IILKQVSVIG KVIGVYRDLH
要素 #1377名称: gp7 / タイプ: protein / 記述: Bacteriophage pGIL01 gp7 / 分子量: 5.921 / 分子数: 4 / 由来: Bacteriophage pGIL01 / 参照: UniProt: Q7WSG2
配列:
MRDKLLDFII ELSQSSKQVV SKSYVIDRLM QVTKEDYKEL EKNVEGKKDD

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実験情報

ビーム設備名称: University of British Columbia Rigaku BioSAXS-2000
地域: Vancouver / 国: Canada / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å
検出器名称: Rigaku HyOix-3000 / タイプ: Hybrid Pixel Array Detector / Pixsize x: 100 mm
スキャン
タイトル: Bacillus thuringiensis LexA repressor bound to Bacteriophage pGIL01 gp7 (Bt_LexA_GIL01_gp7)
測定日: 2017年8月25日 / 保管温度: 6 °C / セル温度: 6 °C / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 12 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0117 0.6422
結果Experimental MW: 108.2 kDa / I0 from Guinier: 1.53 / Rg from Guinier: 4.391 nm / カーブのタイプ: merged

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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