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万見
- SASDES5: Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3 (mmNT-SRCR... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDES5
試料Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3 (mmNT-SRCR3) - from SEC-SAXS
  • Mouse Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3 (protein), mmNT-SRCR3, Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


zymogen activation / exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / synaptic cleft / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / peptidase activity / presynapse / cytoplasmic vesicle / axon ...zymogen activation / exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / synaptic cleft / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / peptidase activity / presynapse / cytoplasmic vesicle / axon / serine-type endopeptidase activity / dendrite / synapse / glutamatergic synapse / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用日付: 2019 Feb 12
タイトル: Structural characterization of the third scavenger receptor cysteine-rich domain of murine Neurotrypsin
著者: Canciani A / Catucci G
登録者
  • Federico Forneris (University of Pavia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2450
タイプ: atomic
コメント: Model generated from PDB file by selecting only chain A
カイ2乗値: 1.399
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試料

試料名称: Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3 (mmNT-SRCR3) - from SEC-SAXS
試料濃度: 15 mg/ml
バッファ名称: 25 mM HEPES/NaOH, 0.1 M NaCl / pH: 8
要素 #1317名称: mmNT-SRCR3 / タイプ: protein
記述: Mouse Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3
分子量: 13.165 / 分子数: 1 / 由来: Mus musculus / 参照: UniProt: O08762
配列:
GTGEFTSGSG FPIRLVDGEN KKEGRVEVFV NGQWGTICDD GWTDKHAAVI CRQLGYKGPA RARTMAYFGE GKGPIHMDNV KCTGNEKALA DCVKQDIGRH NCRHSEDAGV ICDYLEKKAS S

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.09919 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.87 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Neurotrypsin Scavenger Receptor Cysteine-Rich Domain 3 (mmNT-SRCR3) - from SEC-SAXS
測定日: 2017年5月20日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 22 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0327 4.9445
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1017 /
MinMax
Q0.155219 4.94445
P(R) point1 1017
R0 4.54
結果
カーブのタイプ: sec
実験値StandardStandard errorPorod
分子量12 kDa11.99 kDa1 11.5 kDa
体積---23.85 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I013.45 0.019 13.48 0.015
慣性半径, Rg 1.53 nm0.003 1.54 nm0.03

MinMaxError
D-4.54 0.02
Guinier point27 173 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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