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万見
- SASDDZ8: Designed hollow protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDZ8
試料Designed hollow protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral Protein composed of 60-mer fusion proteins)
  • Fusion protein of LSm and MyoX-coil (protein), TIP60 protomer, Artificial protein
生物種Artificial protein
引用日付: 2018 Jul 31
タイトル: Design of hollow protein nanoparticles with modifiable interior and exterior surfaces
著者: Kawakami N / Kondo H / Matsuzawa Y / Hayasaka K / Nasu E / Sasahara K / Arai R
登録者
  • Ryoichi Arai (Shinshu University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2152
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 8.25 A / カイ2乗値: 0.012
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モデル #2153
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 8.25 A / カイ2乗値: 0.012
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Designed hollow protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral Protein composed of 60-mer fusion proteins)
試料濃度: 0.98-4.97
バッファ名称: 25 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 5% glycerol / pH: 8
要素 #1158名称: TIP60 protomer / タイプ: protein / 記述: Fusion protein of LSm and MyoX-coil / 分子量: 17.766 / 由来: Artificial protein
配列:
MGSSHHHHHH SQDPKNIKIM RLVTGEDIIG NISESQGLIT IKKAFVIIPM QATPGKPVQL VLSPWQPYTD DKEIVIDDSK VITITSPKDD IIKSYESHTR VLENKQVEEI LRLEKEIEDL QRMKEQQELS LTEASLQKLQ ERRDQELRRL EEE

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実験情報

ビーム設備名称: Photon Factory (PF), High Energy Accelerator Research Organization (KEK) BL-6A
地域: Tsukuba / 国: Japan / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.023 mm
検出器名称: Pilatus3 1M / タイプ: Reverse-biased silicon diode array / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Designed hollow protein nanoparticle TIP60 (Truncated Icosahedral Protein composed of 60-mer fusion proteins)
測定日: 2017年11月11日 / セル温度: 25 °C / 照射時間: 5 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.057 2.603
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 221 /
MinMax
Q0.0676623 0.85099
P(R) point1 221
R0 23
結果
カーブのタイプ: extrapolated
コメント: The ab initio dummy atom bead models displayed in this entry are: Top - a refined DAMMIN model and corresponding fit generated from 20 individual model spatial alignments; Bottom - the ...コメント: The ab initio dummy atom bead models displayed in this entry are: Top - a refined DAMMIN model and corresponding fit generated from 20 individual model spatial alignments; Bottom - the bead-occupancy and volume-corrected (averaged) spatial representation of TIP60 (DAMFILT) obtained from 20 individual model spatial alignments.
実験値Standard
分子量1063 kDa1063 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.6241 0.643 0.001
慣性半径, Rg 8.952 nm9.39 nm0.06

MinMax
D-23
Guinier point4 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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