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万見
- SASDDB8: Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDB8
試料Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, dimer
  • Type II secretion system protein L, periplasmic domain (protein), GspLperi, Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspL / GspL, cytoplasmic actin-ATPase-like domain / GspL periplasmic domain / Type II secretion system (T2SS), protein L / GspL periplasmic domain / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
引用日付: 2018 Dec
タイトル: Structure and oligomerization of the periplasmic domain of GspL from the type II secretion system of Pseudomonas aeruginosa
著者: Fulara A / Vandenberghe I / Read R / Devreese B
登録者
  • Aleksandra Fulara (Ghent University, Gent, Belgium)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2072
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: none / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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モデル #2073
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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モデル #2074
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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モデル #2075
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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モデル #2076
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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モデル #2077
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.788 / P-value: 0.000794
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試料

試料名称: Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, dimer
試料濃度: 2.00-13.70
バッファ名称: 50 mM TRIS, 100 mM NaCl / pH: 7.5 / コメント: pH=7.5 at 25°C
要素 #1111名称: GspLperi / タイプ: protein
記述: Type II secretion system protein L, periplasmic domain
分子量: 13.966 / 分子数: 2 / 由来: Pseudomonas aeruginosa / 参照: UniProt: P25060
配列:
WSHPQFEKGG GDRYAAQSAE LYRQLFPEDR KLINLRAQFD QHLADSASSG GEGQLLGLLG QAATVIGGEP TVSVEQLDFS AARGDVALQV RAPGFDVLER LRSRLSESGL AVQLGSASRD GSTVSARLVI GG

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1033 Å
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Periplasmic domain of inner membrane protein GspL, dimer
測定日: 2016年4月8日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 15 °C / フレーム数: 19 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.008 0.6139
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 426 /
MinMax
Q0.0355 0.5166
P(R) point51 476
R0 75
結果
D max: 7.5 / カーブのタイプ: sec /
実験値Standard
分子量22.8 kDa36.4 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.03865 0.0391339 2.5E-5
慣性半径, Rg 2.21 nm2.243 nm0.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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