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万見
- SASDD33: Toxin/Antitoxin complex from M. tuberculosis (Mycobacterial cidal... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD33
試料Toxin/Antitoxin complex from M. tuberculosis
  • Mycobacterial cidal toxin (protein), MbcT, Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
  • Mycobacterial cidal antitoxin (protein), MbcA, Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
機能・相同性Antitoxin Xre/MbcA/ParS-like, toxin-binding domain / Antitoxin Xre/MbcA/ParS C-terminal toxin-binding domain / RES domain / RES domain / RES / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / Mycobacterial cidal antitoxin MbcA / NAD(+) phosphorylase MbcT
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: An NAD Phosphorylase Toxin Triggers Mycobacterium tuberculosis Cell Death.
著者: Diana Mendes Freire / Claude Gutierrez / Acely Garza-Garcia / Anna D Grabowska / Ambre J Sala / Kanchiyaphat Ariyachaokun / Terezie Panikova / Katherine S H Beckham / André Colom / Vivian ...著者: Diana Mendes Freire / Claude Gutierrez / Acely Garza-Garcia / Anna D Grabowska / Ambre J Sala / Kanchiyaphat Ariyachaokun / Terezie Panikova / Katherine S H Beckham / André Colom / Vivian Pogenberg / Michele Cianci / Anne Tuukkanen / Yves-Marie Boudehen / Antonio Peixoto / Laure Botella / Dmitri I Svergun / Dirk Schnappinger / Thomas R Schneider / Pierre Genevaux / Luiz Pedro Sorio de Carvalho / Matthias Wilmanns / Annabel H A Parret / Olivier Neyrolles /
要旨: Toxin-antitoxin (TA) systems regulate fundamental cellular processes in bacteria and represent potential therapeutic targets. We report a new RES-Xre TA system in multiple human pathogens, including ...Toxin-antitoxin (TA) systems regulate fundamental cellular processes in bacteria and represent potential therapeutic targets. We report a new RES-Xre TA system in multiple human pathogens, including Mycobacterium tuberculosis. The toxin, MbcT, is bactericidal unless neutralized by its antitoxin MbcA. To investigate the mechanism, we solved the 1.8 Å-resolution crystal structure of the MbcTA complex. We found that MbcT resembles secreted NAD-dependent bacterial exotoxins, such as diphtheria toxin. Indeed, MbcT catalyzes NAD degradation in vitro and in vivo. Unexpectedly, the reaction is stimulated by inorganic phosphate, and our data reveal that MbcT is a NAD phosphorylase. In the absence of MbcA, MbcT triggers rapid M. tuberculosis cell death, which reduces mycobacterial survival in macrophages and prolongs the survival of infected mice. Our study expands the molecular activities employed by bacterial TA modules and uncovers a new class of enzymes that could be exploited to treat tuberculosis and other infectious diseases.
登録者
  • Anne Tuukkanen (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1743
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.007 / P-value: 0.259841
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モデル #1745
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 0.969 / P-value: 0.080559
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Toxin/Antitoxin complex from M. tuberculosis / 試料濃度: 0.63 mg/ml / Entity id: 948 / 949
バッファ名称: 100 mM HEPES, 100 mM NaCl / pH: 7.5
要素 #948名称: MbcT / タイプ: protein / 記述: Mycobacterial cidal toxin / 分子量: 20.248 / 分子数: 6
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WLP9
配列:
VSDALDEGLV QRIDARGTIE WSETCYRYTG AHRDALSGEG ARRFGGRWNP PLLFPAIYLA DSAQACMVEV ERAAQAASTT AEKMLEAAYR LHTIDVTDLA VLDLTTPQAR EAVGLENDDI YGDDWSGCQA VGHAAWFLHM QGVLVPAAGG VGLVVTAYEQ RTRPGQLQLR QSVDLTPALY QELRAT
要素 #949名称: MbcA / タイプ: protein / 記述: Mycobacterial cidal antitoxin / 分子量: 12.616 / 分子数: 6
由来: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
参照: UniProt: P9WLP7
配列:
GAMGVNVLAS TVSGAIERLG LTYEEVGDIV DASPRSVARW TAGQVVPQRL NKQRLIELAY VADALAEVLP RDQANVWMFS PNRLLEHRKP ADLVRDGEYQ RVLALIDAMA EGVFV

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Toxin/Antitoxin complex from M. tuberculosis / 測定日: 2015年6月2日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0983 4.8012
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 698 /
MinMax
Q0.0982867 1.93982
P(R) point1 698
R0 11.35
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値PorodEstimatedEstimated method
分子量154 kDa154 kDa--
体積-262 nm3285 DAMMIF

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I031320 114 31335.6 165.14
慣性半径, Rg 4.09 nm0.01 4.12 nm0.07

MinMax
D-11.35
Guinier point1 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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