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万見
- SASDD32: DNA-(adenine N6)-methyltransferase from Acinetobacter baumannii A... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD32
試料DNA-(adenine N6)-methyltransferase from Acinetobacter baumannii ATCC 17978
  • DNA-(adenine N6)-methyltransferase (protein), A1S_0222, Acinetobacter baumannii ATCC 17978
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 17978 (バクテリア)
引用ジャーナル: Protein Expr Purif / 年: 2018
タイトル: Recombinant production of A1S_0222 from Acinetobacter baumannii ATCC 17978 and confirmation of its DNA-(adenine N6)-methyltransferase activity.
著者: Ulrike Blaschke / Beneditta Suwono / Sachli Zafari / Ingo Ebersberger / Evelyn Skiebe / Cy M Jeffries / Dmitri I Svergun / Gottfried Wilharm /
要旨: Acinetobacter baumannii appears as an often multidrug-resistant nosocomial pathogen in hospitals worldwide. Its remarkable persistence in the hospital environment is probably due to intrinsic and ...Acinetobacter baumannii appears as an often multidrug-resistant nosocomial pathogen in hospitals worldwide. Its remarkable persistence in the hospital environment is probably due to intrinsic and acquired resistance to disinfectants and antibiotics, tolerance to desiccation stress, capability to form biofilms, and is possibly facilitated by surface-associated motility. Our attempts to elucidate surface-associated motility in A. baumannii revealed a mutant inactivated in a putative DNA-(adenine N6)-methyltransferase, designated A1S_0222 in strain ATCC 17978. We recombinantly produced A1S_0222 as a glutathione S-transferase (GST) fusion protein and purified it to near homogeneity through a combination of GST affinity chromatography, cation exchange chromatography and PD-10 desalting column. Furthermore we demonstrate A1S_0222-dependent adenine methylation at a GAATTC site. We propose the name AamA (Acinetobacteradenine methyltransferase A) in addition to the formal names M.AbaBGORF222P/M.Aba17978ORF8565P. Small angle X-ray scattering (SAXS) revealed that the protein is monomeric and has an extended and likely two-domain shape in solution.
登録者
  • Cy M Jeffries (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1703
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.062 / P-value: 0.132008
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モデル #1704
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.75 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.062 / P-value: 0.132008
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: DNA-(adenine N6)-methyltransferase from Acinetobacter baumannii ATCC 17978
試料濃度: 2.4 mg/ml
バッファ名称: 150mM NaCl, 10mM Tris, 1mM DTT, 5% v/v glycerol / pH: 7.4
要素 #912名称: A1S_0222 / タイプ: protein / 記述: DNA-(adenine N6)-methyltransferase / 分子量: 48.902 / 分子数: 1 / 由来: Acinetobacter baumannii ATCC 17978
配列: MNSEPSVYHK RRHAARTTDE YLFHQLVPYL GNKRRLLHLI LEALEITGTL NSKKKNPPIF ADFFAGSGVV SRLARQNGYR VIANDWEPYS HALNHAILAC VDAPAFKELG GYQKAIDYLN RLPEVKGWVT HNLCPRNDDV YDPSRDRLFF KRRNGMRIDA IRQQIATWQA ...配列:
MNSEPSVYHK RRHAARTTDE YLFHQLVPYL GNKRRLLHLI LEALEITGTL NSKKKNPPIF ADFFAGSGVV SRLARQNGYR VIANDWEPYS HALNHAILAC VDAPAFKELG GYQKAIDYLN RLPEVKGWVT HNLCPRNDDV YDPSRDRLFF KRRNGMRIDA IRQQIATWQA QGAINDVEMS ALLAPLLYSA SFVSNTSGVF KSFHQGWGGR TQTALERIES LLWLTPSRFC EIGDRKRPAA EMWCVDAQHL ANQMSGFEVD VAYLDPPYNQ HAYSSNYHVL NALTLWDQVD LPPPDTKGYK SGIDRAWRKE RPSPYNSSKH AKDAYEKLLS TINARYILTS YSTDGNIEPK DLLMANLERG KVTLLTQDVP RYRVSKQRQS ERARVLEFIV ITDTHAKPGP PLRQLLGQLY HFAELGGVDT SGNSTQLALW

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: DNA-(adenine N6)-methyltransferase from Acinetobacter baumannii ATCC 17978
測定日: 2016年9月30日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0134 3.7925
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1471 /
MinMax
Q0.0739961 3.14662
P(R) point1 1471
R0 11.11
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: The individual DAMMIN models used to generate that averaged spatial representation of the protein (DAMFILT model) are included in the full entry zip archive as well as the refinement of ...コメント: The individual DAMMIN models used to generate that averaged spatial representation of the protein (DAMFILT model) are included in the full entry zip archive as well as the refinement of the averaged structure using DAMSTART.
実験値StandardPorod
分子量52 kDa52 kDa-
体積--96 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I03773 8 3765.76 6.6
慣性半径, Rg 2.97 nm0.01 2.91 nm0.31

MinMax
D-11.11
Guinier point30 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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