SASDA96: Lysozyme (Lysozyme C, Lysozyme, lys)

IDまたはキーワード:

登録情報	データベース: SASBDB / ID: SASDA96
試料	Lysozyme Lysozyme C (protein), Lysozyme, lys, Gallus gallus
機能・相同性	機能・相同性情報 Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 Lysozyme C 類似検索 - 構成要素
生物種	Gallus gallus (ニワトリ)
引用	ジャーナル: Nat Methods / 年: 2015 タイトル: Correlation Map, a goodness-of-fit test for one-dimensional X-ray scattering spectra. 著者: Daniel Franke / Cy M Jeffries / Dmitri I Svergun / 要旨: Assessing similarity between data sets with the reduced χ(2) test requires the estimation of experimental errors, which, if incorrect, may render statistical comparisons invalid. We report a ...Assessing similarity between data sets with the reduced χ(2) test requires the estimation of experimental errors, which, if incorrect, may render statistical comparisons invalid. We report a goodness-of-fit test, Correlation Map (CorMap), for assessing differences between one-dimensional spectra independently of explicit error estimates, using only data point correlations. Using small-angle X-ray scattering data, we demonstrate that CorMap maintains the power of the reduced χ(2) test; moreover, CorMap is also applicable to other physical experiments.
登録者	Dmitri Svergun Cy M Jeffries Daniel Franke

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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Data source

SASBDBのページ	SASDA96

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関連構造データ	SASDAA6C SASDAB6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ngv-d 226 5fst-d 3txb-d 7jmu-2 3c8o-3 1lkr-2 3cbn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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モデル #167	タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.958441 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #168	タイプ: atomic / カイ2乗値: 0.9604 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #169	タイプ: atomic / カイ2乗値: 0.976144 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料	名称: Lysozyme / Ext coefficient: 2.653 / 試料濃度: 2.61 mg/ml
バッファ	名称: 20 mM Sodium Acetate/HEPES / 濃度: 20.00 mM / pH: 6.8 / コメント: Mixed Buffer
要素 #119	名称: Lysozyme, lys / タイプ: protein / 記述: Lysozyme C / 分子量: 14.31 / 分子数: 1 / 由来: Gallus gallus / 参照: UniProt: P00698 配列: KVFGRCELAA AMKRHGLDNY RGYSLGNWVC AAKFESNFNT QATNRNTDGS TDYGILQINS RWWCNDGRTP GSRNLCNIPC SALLSSDITA SVNCAKKIVS DGNGMNAWVA WRNRCKGTDV QAWIRGCRL

ビーム

設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany

/ 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm

検出器

名称: Pilatus 2M

スキャン

タイトル: lysozyme pH 6.8 / 測定日: 2013年2月17日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1662	3.7891

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 456 /

	Min	Max
Q	0.1689	3.789
P(R) point	1	456
R	0	4.79

結果

カーブのタイプ: single_conc / Standard: Bovine Serum Albumin

	実験値	Standard	Porod
分子量	14.8 kDa	14.8 kDa	13.93 kDa
体積	-	-	23.69 nm³

	P(R)	Guinier
前方散乱 I0	780.5	779.5
慣性半径, Rg	1.51 nm	1.5 nm

	Min	Max
D	-	4.79
Guinier point	1	260

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