SASDC67: SaPIbov1 pathogenicity island repressor (Stl)

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登録情報	データベース: SASBDB / ID: SASDC67
試料	SaPIbov1 pathogenicity island repressor SaPIbov1 pathogenicity island repressor (protein), Stl, Staphylococcus aureus
機能・相同性	Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Stl 機能・相同性情報
生物種	Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
引用	日付: 2018 Mar 12 タイトル: Structural model of human dUTPase in complex with a novel proteinaceous inhibitor 著者: Nyíri K / Mertens H / Tihanyi B / Nagy G / Kőhegyi B / Matejka J / Harris M / Szabó J / Papp-Kádár V / Németh-Pongrácz V / Ozohanics O / Vékey K / Svergun D / Borysik A
登録者	Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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Data source

SASBDBのページ	SASDC67

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関連構造データ

関連構造データ	SASDC57C SASDC77C SASDC87C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10258 4rg9-d 3lm8-d 1cko-2 3v05-d 1gng-d 7cgy-d 1svd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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外部リンク

「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

モデル #1487	タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.0) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 コメント: server address: http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index カイ2乗値: 0.622 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1488	タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.9.0) / ダミー原子の半径: 2.20 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 0.605 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

試料	名称: SaPIbov1 pathogenicity island repressor / Dry vol: 38738 / 試料濃度: 0.20-0.90 / 濃度測定法: A280
バッファ	名称: 50 mM HEPES 300 mM NaCl 5 mM MgCl2 / pH: 7.5 / コメント: Buffer B
要素 #776	名称: Stl / タイプ: protein / 記述: SaPIbov1 pathogenicity island repressor / 分子量: 32.016 / 分子数: 2 / 由来: Staphylococcus aureus / 参照: UniProt: E2FZP6 配列: GSPEFSMEGA GQMAELPTHY GTIIKTLRKY MKLTQSKLSE RTGFSQNTIS NHENGNRNIG VNEIEIYGKG LGIPSYILHR ISDEFKEKGY SPTLNDFGKF DKMYSYVNKA YYNDGDIYYS SYDLYDETIK LLELLKESKI NVNDIDYDYV LKLYKQILST DTEKSIINYE ...配列: GSPEFSMEGA GQMAELPTHY GTIIKTLRKY MKLTQSKLSE RTGFSQNTIS NHENGNRNIG VNEIEIYGKG LGIPSYILHR ISDEFKEKGY SPTLNDFGKF DKMYSYVNKA YYNDGDIYYS SYDLYDETIK LLELLKESKI NVNDIDYDYV LKLYKQILST DTEKSIINYE TLANTRKSSD KKREVTIEEI GEFHEKYLKL LFTNLETHND RKKALAEIEK LKEESIYLGE KLRLVPNHHY DAIKGKPMYK LYLYEYPDRL EHQKKIILEK DTN

ビーム

設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany

/ 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm

検出器

名称: Pilatus 2M

スキャン

タイトル: stl / 測定日: 2016年7月9日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /

	Min	Max
Q	0.1185	5.0307

距離分布関数 P(R)

ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1191 /

	Min	Max
Q	0.143262	3.42176
P(R) point	1	1191
R	0	10.5

結果

カーブのタイプ: merged / Standard: BSA

	実験値	Experimental error	Standard	Standard error	Porod	Porod error	Estimated	Estimated error	Estimated method
分子量	45 kDa	5	45 kDa	5	59 kDa	6	-	-	-
体積	-	-	-	-	100 nm³	20	90	20	DAM volume

	P(R)	P(R) error	Guinier	Guinier error
前方散乱 I0	0.032	0.001	0.031	0.001
慣性半径, Rg	3.2 nm	0.1	3.3 nm	0.1

	Min	Max	Error
D	-	10.5	0.5
Guinier point	1	93	-

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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