[日本語] English
万見
- SASDAX5: Endophilin-CoA complex (Endophilin-A1 BAR domain, Endophilin + ar... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAX5
試料Endophilin-CoA complex
  • Endophilin-A1 BAR domain (protein), Endophilin, Mus musculus
  • arachidonyl-CoA (other), CoA
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2014
タイトル: Endophilin-A1 BAR domain interaction with arachidonyl CoA.
著者: Maxim V Petoukhov / Winfried Weissenhorn / Dmitri I Svergun /
要旨: Endophilin-A1 belongs to the family of BAR domain containing proteins that catalyze membrane remodeling processes via sensing, inducing and stabilizing membrane curvature. We show that the BAR domain ...Endophilin-A1 belongs to the family of BAR domain containing proteins that catalyze membrane remodeling processes via sensing, inducing and stabilizing membrane curvature. We show that the BAR domain of endophilin-A1 binds arachidonic acid and molds its coenzyme A (CoA) activated form, arachidonyl-CoA into a defined structure. We studied low resolution structures of endophilin-A1-BAR and its complex with arachidonyl-CoA in solution using synchrotron small-angle X-ray scattering (SAXS). The free endophilin-A1-BAR domain is shown to be dimeric at lower concentrations but builds tetramers and higher order complexes with increasing concentrations. Extensive titration SAXS studies revealed that the BAR domain produces a homogenous complex with the lipid micelles. The structural model of the complexes revealed two arachidonyl-CoA micelles bound to the distal arms of an endophilin-A1-BAR dimer. Intriguingly, the radius of the bound micelles significantly decreases compared to that of the free micelles, and this structural result may provide hints on the potential biological relevance of the endophilin-A1-BAR interaction with arachidonyl CoA.
登録者
  • Maxim Petoukhov (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #143
タイプ: dummy / ソフトウェア: Sasref / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 24.01
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: Endophilin-CoA complex / Sample MW: 118 kDa / 試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 105 / 107
バッファ名称: TRIS-HCL / 濃度: 50.00 mM / pH: 8 / 組成: NaCl 300.000 mM
要素 #105名称: Endophilin / タイプ: protein / 記述: Endophilin-A1 BAR domain / 分子量: 29 / 分子数: 2 / 由来: Mus musculus
配列: MSVAGLKKQF HKATQKVSEK VGGAEGTKLD DDFKEMERKV DVTSRAVMEI MTKTIEYLQP NPASRAKLSM INTMSKIRGQ EKGPGYPQAE ALLAEAMLKF GRELGDDCNF GPALGEVGEA MRELSEVKDS LDMEVKQNFI DPLQNLHDKD LREIQHHLKK LEGRRLDFDY ...配列:
MSVAGLKKQF HKATQKVSEK VGGAEGTKLD DDFKEMERKV DVTSRAVMEI MTKTIEYLQP NPASRAKLSM INTMSKIRGQ EKGPGYPQAE ALLAEAMLKF GRELGDDCNF GPALGEVGEA MRELSEVKDS LDMEVKQNFI DPLQNLHDKD LREIQHHLKK LEGRRLDFDY KKKRQGKIPD EELRQALEKF DESKEIAESS MFNLLEMDIE QVSQLSALVQ AQLEYHKQAV QILQQVTVRL EERIRQA
要素 #107名称: CoA / タイプ: other / 記述: arachidonyl-CoA

-
実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: complex / 測定日: 2006年11月27日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1465 4.991
結果I0 from Guinier: 435.06 / Rg from Guinier: 5.9 nm / D max: 19 / カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量130 kDa-
体積-480 nm3

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る