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- SASDC26: DH-PH - Dbl-homology domain (DH) and Pleckstrin-homology (PH) of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC26
試料DH-PH - Dbl-homology domain (DH) and Pleckstrin-homology (PH) of Bcr-Abl tyrosine kinase p210
  • BCR-ABL p210 fusion protein (DH-PH) (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability ...negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of vascular permeability / regulation of Rho protein signal transduction / focal adhesion assembly / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / definitive hemopoiesis / activation of GTPase activity / regulation of small GTPase mediated signal transduction / inner ear morphogenesis / small GTPase-mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / neuromuscular process controlling balance / homeostasis of number of cells / RHOA GTPase cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR1 in disease / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / negative regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / cellular response to lipopolysaccharide / protein tyrosine kinase activity / dendritic spine / postsynaptic density / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. ...Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Breakpoint cluster region protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and functional dissection of the DH and PH domains of oncogenic Bcr-Abl tyrosine kinase.
著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / ...著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / Barbara Gerig / Dmitri Svergun / Florence Pojer / Peter Güntert / Volker Dötsch / Shohei Koide / Anne-Claude Gavin / Oliver Hantschel /
要旨: The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To ...The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To provide a molecular rationale for these observations, we study the Dbl-homology (DH) and Pleckstrin-homology (PH) domains of Bcr-Abl p210, which constitute the only structural differences to p190. Here we report high-resolution structures of the DH and PH domains and characterize conformations of the DH-PH unit in solution. Our structural and functional analyses show no evidence that the DH domain acts as a guanine nucleotide exchange factor, whereas the PH domain binds to various phosphatidylinositol-phosphates. PH-domain mutants alter subcellular localization and result in decreased interactions with p210-selective interaction partners. Hence, the PH domain, but not the DH domain, plays an important role in the formation of the differential p210 and p190 Bcr-Abl signaling networks.
登録者
  • Alejandro Panjkovich (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1390
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.993
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モデル #1391
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.993
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モデル #1392
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.993
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モデル #1393
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.993
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試料

試料名称: DH-PH - Dbl-homology domain (DH) and Pleckstrin-homology (PH) of Bcr-Abl tyrosine kinase p210
試料濃度: 1.80-14.40
バッファ名称: 25 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, 1 mM DTT / pH: 7.5
要素 #738タイプ: protein / 記述: BCR-ABL p210 fusion protein (DH-PH) / 分子量: 47.133 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P11274
配列: GAMASELDLE KGLEMRKWVL SGILASEETY LSHLEALLLP MKPLKAAATT SQPVLTSQQI ETIFFKVPEL YEIHKEFYDG LFPRVQQWSH QQRVGDLFQK LASQLGVYRA FVDNYGVAME MAEKCCQANA QFAEISENLR ARSNKDAKDP TTKNSLETLL YKPVDRVTRS ...配列:
GAMASELDLE KGLEMRKWVL SGILASEETY LSHLEALLLP MKPLKAAATT SQPVLTSQQI ETIFFKVPEL YEIHKEFYDG LFPRVQQWSH QQRVGDLFQK LASQLGVYRA FVDNYGVAME MAEKCCQANA QFAEISENLR ARSNKDAKDP TTKNSLETLL YKPVDRVTRS TLVLHDLLKH TPASHPDHPL LQDALRISQN FLSSINEEIT PRRQSMTVKK GEHRQLLKDS FMVELVEGAR KLRHVFLFTD LLLCTKLKKQ SGGKTQQYDC KWYIPLTDLS FQMVDELEAV PNIPLVPDEE LDALKIKISQ IKNDIQREKR ANKGSKATER LKKKLSEQES LLLLMSPSMA FRVHSRNGKS YTFLISSDYE RAEWRENIRE QQKKCFRSFS LTSVELQMLT NSCVKLQTVH

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: DH-PH - Dbl-homology domain (DH) and Pleckstrin-homology (PH) of Bcr-Abl p210
測定日: 2015年10月13日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0025 0.4812
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 464 /
MinMax
Q0.006353 0.251
P(R) point1 464
R0 111.4
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量41 kDa41 kDa2 42 kDa
体積---69 nm3

P(R)GuinierGuinier errorP(R) error
前方散乱 I010100 10070.7 18.2 -
慣性半径, Rg 2.16 nm3.18 nm0.03 0.02

MinMaxError
D-11.1 0.3
Guinier point16 143 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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