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万見
- SASDCA3: Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 (ZBTB38) complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCA3
試料Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 (ZBTB38) complexed with methylated C-terminal ZBTB38 binding sequence
  • Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 (protein), ZBTB38, Homo sapiens
  • methylated C-terminal ZBTB38 binding sequence (DNA), mZBTB38BS
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpG binding / regulation of DNA replication / chromosome / blood microparticle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription ...methyl-CpG binding / regulation of DNA replication / chromosome / blood microparticle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 38
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: The C-Terminal Zinc Fingers of ZBTB38 are Novel Selective Readers of DNA Methylation.
著者: Amir Pozner / Nicholas O Hudson / Jill Trewhella / Tommy W Terooatea / Sven A Miller / Bethany A Buck-Koehntop /
要旨: Methyl-CpG binding proteins play an essential role in translating DNA methylation marks into a downstream transcriptional response, which has implications for both normal cell function as well as ...Methyl-CpG binding proteins play an essential role in translating DNA methylation marks into a downstream transcriptional response, which has implications for both normal cell function as well as disease. Although for many of these proteins, a detailed mechanistic understanding for how this cellular process is mediated remains to be determined. ZBTB38 is an under-characterized member of the zinc finger (ZF) family of methyl-CpG binding proteins. Functional knowledge has been gained for its conserved methylated DNA binding N-terminal ZF region; however, a specific role for the C-terminal set of five ZFs remains to be elucidated. Here we demonstrate for the first time that a subset of the C-terminal ZBTB38 ZFs exhibit high-affinity DNA interactions and that preferential targeting of the consensus DNA site is methyl specific. Utilizing a hybrid approach, a model for the C-terminal ZBTB38 ZFs in complex with its cognate DNA target is proposed, providing insight into a possible novel mode of methylated DNA recognition. Furthermore, it is shown that the C-terminal ZFs of ZBTB38 can directly occupy promoters harboring the newly identified sequence motif in cell in a methyl-dependent manner and, depending on the gene context, contribute to modulating transcriptional response. Combined, these findings provide evidence for a key and novel physiological function for the C-terminal ZF domain of ZBTB38.
登録者
  • Jill Trewhella (School of Molecular Bioscience, University of Sydney., Sydney, New South Wales 2006, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1238
タイプ: dummy / ソフトウェア: (1.45) / ダミー原子の半径: 2.75 A / コメント: ZBTB38(1006-1153)-mCZ38BS complex / カイ2乗値: 1.268 / P-value: 0.123700
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モデル #1237
タイプ: atomic / ソフトウェア: (2.2) / 対称性: P1 / コメント: ZBTB38(1006-1153)-mCZ38BS complex / カイ2乗値: 1.739 / P-value: 0.027726
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試料

試料名称: Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 (ZBTB38) complexed with methylated C-terminal ZBTB38 binding sequence
試料濃度: 3.4 mg/ml / Entity id: 663 / 667
バッファ名称: 10 mM Tris, 1 mM tris(2-carboxy-ethyl)phosphine (TCEP), 0.05% NaN3, 10% D2O
pH: 6.8
コメント: Solvent blank taken from concentration step flow through
要素 #663名称: ZBTB38 / タイプ: protein / 記述: Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 / 分子量: 17.337 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8NAP3
配列:
TSRPYACELC AKQFQSPSTL KMHMRCHTGE KPYQCKTCGR CFSVQGNLQK HERIHLGLKE FVCQYCNKAF TLNETLKIHE RIHTGEKRYH CQFCFQRFLY LSTKRNHEQR HIREHNGKGY ACFQCPKICK TAAALGMHQK KHLFKSP
要素 #667名称: mZBTB38BS / タイプ: DNA / 記述: methylated C-terminal ZBTB38 binding sequence / 分子量: 16.705 / 分子数: 1
配列:
GCACTCATCG GCGCAGATCA GCTAGCCGGC TAGCTGATCT GCGCCGATGA GTGC

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実験情報

ビーム設備名称: Department of Chemistry, University of Utah Anton Paar SAXSess
地域: Salt Lake City, UT / 国: USA / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.2612 mm
検出器名称: Dectris Mythen 1K / タイプ: 1D diode array detector / Pixsize x: 50 mm
スキャン
タイトル: Zinc finger and BTB domain-containing protein 38 (ZBTB38) complexed with methylated C-terminal ZBTB38 binding sequence
測定日: 2016年11月11日 / セル温度: 22 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 120 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0813 3.3624
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 248 /
MinMax
Q0.0812838 3.36238
P(R) point1 248
R0 8.18
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardStandard errorPorod
分子量34.389 kDa46 kDa12 33.3 kDa
体積---49.87 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1822 0.0016 0.18 0.0009
慣性半径, Rg 2.61 nm0.03 2.5 nm0.04

MinMaxError
D-8.18 5
Guinier point1 33 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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