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万見
- SASDCZ2: Yeast CTDsome: transcription termination factor Rtt103p/C-termina... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCZ2
試料Yeast CTDsome: transcription termination factor Rtt103p/C-terminal domain of DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 (Rtt103 1-246-phospho-mimetic complex)
  • Regulator of Ty1 transposition protein 103 (protein), Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
  • DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 (protein), Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / transposable element silencing / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / transposable element silencing / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / Estrogen-dependent gene expression / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / site of double-strand break / transcription by RNA polymerase II / chromatin / mitochondrion / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 ...: / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Regulator of Ty1 transposition protein 103
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
引用日付: 2017 Oct 4
タイトル: Structure and dynamics of the RNAPII CTDsome with Rtt103
著者: Jasnovidova O / Klumpler T / Kubicek K / Kalynych S / Plevka P
登録者
  • Tomas Klumpler (CEITEC - Central European Institute of Technology, Masaryk University)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1182
タイプ: mix / ソフトウェア: (05) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.79 / P-value: 0.545500
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1195
タイプ: mix / ソフトウェア: (05) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.81 / P-value: 0.966400
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1197
タイプ: mix / ソフトウェア: (05) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.81 / P-value: 0.321000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Yeast CTDsome: transcription termination factor Rtt103p/C-terminal domain of DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 (Rtt103 1-246-phospho-mimetic complex)
試料濃度: 1 mg/ml / Entity id: 615 / 616
バッファ名称: 25 mM KH2PO4, 300 mM KCl, 10 mM BME / pH: 6.5
要素 #615タイプ: protein / 記述: Regulator of Ty1 transposition protein 103 / 分子量: 28.627 / 分子数: 2
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: Q05543
配列: MPFSSEQFTT KLNTLEDSQE SISSASKWLL LQYRDAPKVA EMWKEYMLRP SVNTRRKLLG LYLMNHVVQQ AKGQKIIQFQ DSFGKVAAEV LGRINQEFPR DLKKKLSRVV NILKERNIFS KQVVNDIERS LKTESSPVEA LVLPQKLKDF AKDYEKLVKM HHNVCAMKMR ...配列:
MPFSSEQFTT KLNTLEDSQE SISSASKWLL LQYRDAPKVA EMWKEYMLRP SVNTRRKLLG LYLMNHVVQQ AKGQKIIQFQ DSFGKVAAEV LGRINQEFPR DLKKKLSRVV NILKERNIFS KQVVNDIERS LKTESSPVEA LVLPQKLKDF AKDYEKLVKM HHNVCAMKMR FDKSSDELDP SSSVYEENFK TISKIGNMAK DIINESILKR ESGIHKLQST LDDEKRHLDE EQNMLSEIEF VLSAKDL
要素 #616タイプ: protein / 記述: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / 分子量: 12.782 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P04050
配列:
SPEFTCEPTS PSYEPTSPSY EPTSPSYEPT SPSYEPTSPS YEPTSPSYEP TSPSYEPTSP SYEPTSPSYE PTSPSYEPTS PSYEPTSPSY EPTSPSYEPT SPSYEPAAAD YKDDDDK

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実験情報

ビーム設備名称: CEITEC Rigaku BioSAXS-1000 / 地域: Brno / 国: Czech Republic / 線源: X-ray in house / 波長: 0.154 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 0.4806 mm
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Rtt103 1-246-phospho-mimetic complex / 測定日: 2016年4月12日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 4 °C / 照射時間: 3600 sec. / フレーム数: 5 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0037 0.6627
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 93 /
MinMax
Q0.0180756 0.150167
P(R) point1 93
R0 210.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量184.5 kDa350.625 kDa
体積-561 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1937 0.00423 0.18 0.0027
慣性半径, Rg 5.767 nm0.014 5.294 nm0.02

MinMax
D-21
Guinier point7 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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