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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDAE5 |
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試料 | CYNEX4
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
引用 | ジャーナル: Biophys J / 年: 2012 タイトル: Conformational analysis of a genetically encoded FRET biosensor by SAXS. 著者: Haydyn D T Mertens / Alen Piljić / Carsten Schultz / Dmitri I Svergun / 要旨: Genetically encoded FRET (Foerster resonance energy transfer) sensors are exciting tools in modern cell biology. Changes in the conformation of a sensor lead to an altered emission ratio and provide ...Genetically encoded FRET (Foerster resonance energy transfer) sensors are exciting tools in modern cell biology. Changes in the conformation of a sensor lead to an altered emission ratio and provide the means to determine both temporal and spatial changes in target molecules, as well as the activity of enzymes. FRET sensors are widely used to follow phosphorylation events and to monitor the effects of elevated calcium levels. Here, we report for the first time, to our knowledge, on the analysis of the conformational changes involved in sensor function at low resolution using a combination of in vitro and in cellulo FRET measurements and small-angle scattering of x rays (SAXS). The large and dynamic structural rearrangements involved in the modification of the calcium- and phosphorylation-sensitive probe CYNEX4 are comprehensively characterized. It is demonstrated that the synergistic use of SAXS and FRET methods allows one to resolve the ambiguities arising due to the rotation of the sensor molecules and the flexibility of the probe. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #111 | タイプ: dummy / ソフトウェア: dammif / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.6724 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #113 | タイプ: mix / ソフトウェア: coral / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.5476 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: CYNEX4 / Sample MW: 92.8 kDa / 試料濃度: 0.80-12.80 / 濃度測定法: A280 |
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バッファ | 名称: HEPES / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.5 / コメント: 50 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM EGTA / 組成: NaCl 150.000 mM |
要素 #87 | 名称: CYNEX4 / タイプ: protein / 記述: CYNEX4 FRET probe, (eYFP-AnnexinA4-eCFP) / 分子量: 92.8 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens 配列: MASWSHPQFE KGAMASKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTFSY GVQCFSRYPD HMKRHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMADK ...配列: MASWSHPQFE KGAMASKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTFSY GVQCFSRYPD HMKRHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY KTRAEVKFEG DTLVNRIELK GIDFKEDGNI LGHKLEYNYN SHNVYIMADK QKNGIKVNFK IRHNIEDGSV QLADHYQQNT PIGDGPVLLP DNHYLSTQSA LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITLGMDEL YKRILATMAM ATKGGTVKAA SGFNAMEDAQ TLRKAMKGLG TDEDAIISVL AYRNTAQRQE IRTAYKSTIG RDLIDDLKSE LSGNFEQVIV GMMTPTVLYD VQELRRAMKG AGTDEGCLIE ILASRTPEEI RRISQTYQQQ YGRSLEDDIR SDTSFMFQRV LVSLSAGGRD EGNYLDDALV RQDAQDLYEA GEKKWGTDEV KFLTVLCSRN RNHLLHVFDE YKRISQKDIE QSIKSETSGS FEDALLAIVK CMRNKSAYFA EKLYKSMKGL GTDDNTLIRV MVSRAEIDML DIRAHFKRLY GKSLYSFIKG DTSGDYRKVL LVLCGGDDSR DPPVATMASK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVSGEG EGDATYGKLT LKFICTTGKL PVPWPTLVTT FSYGVQCFSR YPDHMKRHDF FKSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFKIRHNIED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSALSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGITLGM DELYK |
-実験情報
ビーム | 設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: cynex4 / 測定日: 2010年9月11日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 400 /
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結果 | カーブのタイプ: merged / Standard: BSA /
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