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万見
- SASDBF9: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein TupA measur... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBF9
試料ABC transporter periplasmic substrate-binding protein TupA measured in the presence of tungstate
  • ABC transporter periplasmic substrate-binding protein (protein), Desulfovibrio alaskensis (strain G20)
機能・相同性: / PBP domain / PBP superfamily domain / ABC transporter periplasmic substrate-binding protein
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio alaskensis (strain G20) (バクテリア)
登録者
  • Alejandro Panjkovich (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1120
タイプ: mix / ソフトウェア: (2.7.2) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: Tungstate group was added manually by homology to related structures
カイ2乗値: 0.896 / P-value: 0.016400
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein TupA measured in the presence of tungstate
試料濃度: 1.00-6.00
バッファ名称: 5 mM Tris-HCl / pH: 7.6
要素 #584タイプ: protein
記述: ABC transporter periplasmic substrate-binding protein
分子量: 29.66 / 分子数: 1 / 由来: Desulfovibrio alaskensis (strain G20) / 参照: UniProt: Q316W1
配列: MAHHHHHHVD DDDKMLEVLF QGPEAPVLMM ATTTSTDNTG LLDDLAPQFT KDTGIELRWT AVGTGKALKM GENCDVDILL VHAPAAEKAF VDAGFGTART QLMYNDFVII GPAADPAGVK GMTVAAALGK IAADNAVFVS RGDNSGTHKM EKSLWKQIEG PSPEKEAWYV ...配列:
MAHHHHHHVD DDDKMLEVLF QGPEAPVLMM ATTTSTDNTG LLDDLAPQFT KDTGIELRWT AVGTGKALKM GENCDVDILL VHAPAAEKAF VDAGFGTART QLMYNDFVII GPAADPAGVK GMTVAAALGK IAADNAVFVS RGDNSGTHKM EKSLWKQIEG PSPEKEAWYV QTGQGMLRTI NVAAEKGGYT MTDRGTYIKY EASMDGNPPL KILVEGDKIL FNQYSAIPVN PAHCPKVKKD LADKFVNWMA SPATQKTIGD FKLMGKALFT PNAE

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: TupA measured in the presence of tungstate / 測定日: 2013年12月7日 / 保管温度: 7 °C / セル温度: 7 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.003 0.4443
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 440 /
MinMax
Q0.0077534 0.35427
P(R) point1 440
R0 90
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: TupA protein measured in the presence of tungstate, fitted against the holo-form model.
実験値StandardStandard errorPorod
分子量29.7 kDa26 kDa2 28 kDa
体積---45.7 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0758 6 752 5
慣性半径, Rg 2.41 nm0.02 2.3 nm0.03

MinMaxError
D-9 0.3
Guinier point8 68 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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