PDB-9zca: 5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle type...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9zca

タイトル

5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle type-2 dimer

要素

5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle

キーワード

RNA / 5-methyl-cytidine / dimer

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å

データ登録者

McRae, E.K.S. / Yadav, D.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Base modifications reshape RNA folding landscapes and structure function relationships in synthetic and natural RNAs
著者: Kumar, D.Y. / Yang, H. / Lee, S. / McRae, E.K.S.

履歴

登録	2025年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年12月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9zca.cif.gz	726.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9zca.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9zca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/9zca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	74032MC 73997C 73998C 74033C 9zbqC 9zbrC 9zc6C 9zc7C 9zc8C 9zc9C 9zcbC 9zccC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (2)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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転移RNA (Transfer RNA)
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SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (2)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle

B: 5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle

476 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: RNA鎖	5-methyl-cytidine twist corrected RNA origami 6-helix bundle 分子量: 237851.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Dimeric twist-corrected 6-helix bundle with a clasp helix transcribed with 5-methyl-cytidine. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.464 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液	pH: 8 詳細: SEC purified in 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: SEC purified in 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.21.2_5419	モデル精密化
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 73602 / 詳細: Blob picking on denoised micrographs

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11203 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: geometry minimization

原子モデル構築

PDB-ID: 9ZC9

9zc9

Accession code: 9ZC9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

交差検証法: NONE

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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