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- PDB-9zb7: A DARPin fused to the 1TEL crystallization chaperone via a direct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zb7
タイトルA DARPin fused to the 1TEL crystallization chaperone via a direct helical fusion
要素Transcription factor ETV6,DARPin
キーワードTRANSCRIPTION / Sterile Alpha Motif (SAM) of Human Translocation ETS Leukemia (TEL) / protein crystallization chaperone / TELSAM / ETV6 / 1TEL Crystallization Chaperone / Oncoprotein / DARPin / Designed Ankyrin Repeat Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / ETHANOL / : / AMMONIUM ION / PHOSPHATE ION / Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Averett, J.C. / Bradford, M.J. / Wilson, E.W. / Averett, B.J. / Anderson, E. / Anderson, A. / Doukov, T. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM146209 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM155011 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Polymer crystallization physics discovered through modulating the pH sensitivity of the TELSAM crystallization chaperone for increased solubility
著者: Averett, J.C. / Bradford, M.J. / Wilson, E.W. / Yseng, Y.J. / Averett, B.J. / Anderson, E. / Anderson, A. / Doukov, T. / Moody, J.D.
履歴
登録2025年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,DARPin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,28621
ポリマ－27,0931
非ポリマー1,19320
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.690, 83.690, 58.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,DARPin / ETS translocation variant 6 / ETS-related protein Tel1 / Tel


分子量: 27093.258 Da / 分子数: 1 / 変異: V112E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: ETV6, TEL, TEL1 / プラスミド: pET42 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41212

-
非ポリマー , 8種, 225分子

#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: Hexagonal Prism
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.4 M Ammonium phosphate monobasic / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月19日
詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 and M2
放射モノクロメーター: Si111 liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→18.83 Å / Num. obs: 65882 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08098 / Rpim(I) all: 0.03268 / Rrim(I) all: 0.08748 / Net I/σ(I): 9.46
反射 シェル解像度: 1.24→1.284 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.081 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 6504 / CC1/2: 0.261 / CC star: 0.644 / Rpim(I) all: 0.8372 / Rrim(I) all: 2.246 / % possible all: 99.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB-REDO精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.24→18.83 Å / SU ML: 0.1183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.6018
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1702 3293 4.95 %
Rwork0.1456 63176 -
obs0.1467 65814 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.24→18.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1795 0 51 205 2051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0132646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8055672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.24-1.250.28051560.24032559X-RAY DIFFRACTION98.51
1.25-1.270.24621510.22542629X-RAY DIFFRACTION99.25
1.27-1.290.24791110.21052630X-RAY DIFFRACTION99.56
1.29-1.310.2351710.20132577X-RAY DIFFRACTION99.67
1.31-1.340.20411590.19462573X-RAY DIFFRACTION99.67
1.34-1.360.20651160.18972674X-RAY DIFFRACTION99.89
1.36-1.390.25651140.18032636X-RAY DIFFRACTION99.89
1.39-1.410.241560.16062621X-RAY DIFFRACTION100
1.41-1.450.19361380.15992593X-RAY DIFFRACTION99.74
1.45-1.480.17541440.14212662X-RAY DIFFRACTION100
1.48-1.520.16671260.13172622X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.560.14391260.12352621X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.60.151500.12872626X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.650.18121160.12292639X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.710.16091540.13562647X-RAY DIFFRACTION99.96
1.71-1.780.18781350.1282616X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.860.16781490.13572645X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.960.17221240.12872648X-RAY DIFFRACTION99.57
1.96-2.080.15381330.13482647X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.240.14631460.12422618X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.470.1491490.13832644X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.830.16221180.14032667X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.560.17121430.15012654X-RAY DIFFRACTION99.68
3.56-18.830.1711080.15442728X-RAY DIFFRACTION99.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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