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万見
- PDB-9yk3: Room-temperature X-ray structure of D132N Bacillus halodurans RNa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yk3
タイトルRoom-temperature X-ray structure of D132N Bacillus halodurans RNase H1 in complex with complementary RNA/DNA duplex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*U)-3')
  • Ribonuclease H
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / rna hydrolase / nucleic acid binding / RNA/DNA hybrid / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H, Bacteroides-type / Ribonuclease H1, N-terminal / Ribonuclease H1, N-terminal domain superfamily / Ribonuclease H1 N-terminal domain / : / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RNA / Ribonuclease H
類似検索 - 構成要素
生物種Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kovalevsky, A. / Gerlits, O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2026
タイトル: Structural insights into RNase H catalytic mechanism from room-temperature X-ray and neutron crystallography of apo- and RNA/DNA hybrid-bound enzyme.
著者: Gerlits, O. / Collins, A. / Kovalevsky, A.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules
著者: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P.
#2: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into RNase H catalytic mechanism from room-temperature X-ray and neutron crystallography of apo- and RNA/DNA hybrid-bound enzyme
著者: Gerlits, O. / Collins, A. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2025年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease H
B: RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*U)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7515
ポリマ－19,7023
非ポリマー492
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.974, 37.935, 62.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease H / RNase H


分子量: 16003.082 Da / 分子数: 1 / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
遺伝子: rnhA, BH0863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*AP*CP*AP*U)-3')


分子量: 1875.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*G)-3')


分子量: 1824.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M NaCl, and 12-16% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.8 Å / Num. obs: 14414 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1377 / CC1/2: 0.538 / Rpim(I) all: 0.366 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
CrysalisProデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→21.4 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2311 702 4.89 %random
Rwork0.201 ---
obs0.2025 14361 94.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1089 245 2 72 1408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6761939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.314269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.050.35441250.29722611X-RAY DIFFRACTION91
2.05-2.250.25061280.23172704X-RAY DIFFRACTION94
2.25-2.580.24381540.21212726X-RAY DIFFRACTION95
2.58-3.250.23331450.20992794X-RAY DIFFRACTION96
3.25-21.40.20591500.17272824X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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