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- PDB-9ya2: Cryo-EM structure of intraconoidal microtubule 1 (ICMT1) from Tox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ya2
タイトルCryo-EM structure of intraconoidal microtubule 1 (ICMT1) from Toxoplasma gondii (8-nm repeat)
要素
  • ICMAP2, TGME49_224700
  • Microtubule associated protein SPM1
  • TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380
  • TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
  • TRXL1, TGME49_232410
  • TRXL2, TGME49_225790
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubule / Microtubule Inner Protein / Microtubule-associated Protein / Toxoplasma gondii / conoid / conoid fiber / intraconoidal microtubule / ICMT
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule-based process / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity ...thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / microtubule-based process / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / PDI family protein / Microtubule associated protein SPM1 / Uncharacterized protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / PDI family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Zeng, J. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI179885 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Atomic models of the Toxoplasma cell invasion machinery
著者: Zeng, J. / Fu, Y. / Qian, P. / Niu, Q. / Beatty, W.L. / Brown, A. / Sibley, L.D. / Zhang, R.
履歴
登録2025年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule associated protein SPM1
A0: Tubulin alpha chain
A1: Tubulin beta chain
A2: Tubulin alpha chain
A3: Tubulin beta chain
A4: Tubulin alpha chain
A5: Tubulin beta chain
A6: Tubulin alpha chain
A7: Tubulin beta chain
A8: Tubulin alpha chain
A9: Tubulin beta chain
B: Microtubule associated protein SPM1
B0: Tubulin alpha chain
B1: Tubulin beta chain
B2: Tubulin alpha chain
B3: Tubulin beta chain
B4: Tubulin alpha chain
B5: Tubulin beta chain
B6: Tubulin alpha chain
B7: Tubulin beta chain
B8: Tubulin alpha chain
B9: Tubulin beta chain
C: Microtubule associated protein SPM1
C0: Tubulin alpha chain
C1: Tubulin beta chain
C2: Tubulin alpha chain
C3: Tubulin beta chain
C4: Tubulin alpha chain
C5: Tubulin beta chain
C6: Tubulin alpha chain
C7: Tubulin beta chain
C8: Tubulin alpha chain
C9: Tubulin beta chain
D: Microtubule associated protein SPM1
D0: Tubulin alpha chain
D1: Tubulin beta chain
D2: Tubulin alpha chain
D3: Tubulin beta chain
D4: Tubulin alpha chain
D5: Tubulin beta chain
D6: Tubulin alpha chain
D7: Tubulin beta chain
D8: Tubulin alpha chain
D9: Tubulin beta chain
E: Microtubule associated protein SPM1
E0: Tubulin alpha chain
E1: Tubulin beta chain
E2: Tubulin alpha chain
E3: Tubulin beta chain
E4: Tubulin alpha chain
E5: Tubulin beta chain
E6: Tubulin alpha chain
E7: Tubulin beta chain
E8: Tubulin alpha chain
E9: Tubulin beta chain
F: Microtubule associated protein SPM1
F0: Tubulin alpha chain
F1: Tubulin beta chain
G: Microtubule associated protein SPM1
H: Microtubule associated protein SPM1
I: Microtubule associated protein SPM1
J: Microtubule associated protein SPM1
K: Microtubule associated protein SPM1
L: ICMAP2, TGME49_224700
M: ICMAP2, TGME49_224700
N: ICMAP2, TGME49_224700
O: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380
P: TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380
Q: ICMAP2, TGME49_224700
R: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
S: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
T: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
U: TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760
V: ICMAP2, TGME49_224700
W: ICMAP2, TGME49_224700
a: TRXL1, TGME49_232410
b: TRXL1, TGME49_232410
c: TRXL1, TGME49_232410
d: TRXL1, TGME49_232410
e: TRXL1, TGME49_232410
f: TRXL1, TGME49_232410
g: TRXL1, TGME49_232410
h: TRXL1, TGME49_232410
i: TRXL1, TGME49_232410
j: TRXL1, TGME49_232410
k: TRXL2, TGME49_225790
l: TRXL2, TGME49_225790
m: TRXL1, TGME49_232410
n: TRXL1, TGME49_232410
o: TRXL1, TGME49_232410
p: TRXL1, TGME49_232410
q: TRXL1, TGME49_232410
r: TRXL1, TGME49_232410
s: TRXL1, TGME49_232410
t: TRXL1, TGME49_232410
u: TRXL1, TGME49_232410
v: TRXL1, TGME49_232410
w: TRXL1, TGME49_232410
x: TRXL1, TGME49_232410
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,030,084177
ポリマ－5,004,32699
非ポリマー25,75878
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 8種, 99分子 ABCDEFGHIJKA0A2A4A6A8B0B2B4B6B8C0C2C4C6C8D0D2D4D6...

#1: タンパク質
Microtubule associated protein SPM1 / TGME49_263520


分子量: 38845.750 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K285
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin TUBA1 / TGME49_316400


分子量: 50166.645 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: P10873
#3: タンパク質 ...
Tubulin beta chain / beta tubulin / TGME49_266960


分子量: 50119.121 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: I7BFC9
#4: タンパク質
ICMAP2, TGME49_224700


分子量: 182923.125 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A086KMN2
#5: タンパク質 TLAP3 (apical cap protein AC5), TGME49_235380


分子量: 65286.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151H4L4
#6: タンパク質
TLAP4 (thioredoxin-like associated protein), TGME49_201760


分子量: 37360.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K913
#7: タンパク質 ...
TRXL1, TGME49_232410 / PDI family protein / Putative PDI-like protein


分子量: 24939.332 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: Q8MPF4
#8: タンパク質 TRXL2, TGME49_225790 / PDI family protein / TrxL2


分子量: 21687.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K232

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非ポリマー , 3種, 78分子

#9: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57592 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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