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- PDB-9ya0: Cryo-EM structure of pre-conoid ring 2 (PCR P2 ring)from Toxoplas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ya0
タイトルCryo-EM structure of pre-conoid ring 2 (PCR P2 ring)from Toxoplasma gondii
要素
  • (Calmodulin) x 2
  • CGP, TGME49_240380
  • FLM1, TGME49_271780
  • FLM2, TGME49_285990
  • Formin 1
  • ICAP16, TGME49_202120
  • MLC4, TGME49_294390
  • PCR10, TGME49_298010
  • PCR11, TGME49_209490
  • PCR12, TGME49_219070
  • PCR12, TGME49_292170
  • PCR13, TGME49_284620
  • PCR14, TGME49_311880
  • PCR15, TGME49_232560
  • PCR4, TGME49_201220
  • PCR5, TGME49_242320
  • Protein transport protein SEC23
  • Transport protein Sec24
  • myosin L, TGME49_291020
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin / Microtubule / Microtubule Inner Protein / Microtubule-associated Protein / Toxoplasma gondii / conoid / conoid fiber / pre-conoid ring / PCR / P2
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / myosin complex / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / myosin II complex / cAMP-dependent protein kinase complex / microfilament motor activity / protein kinase A catalytic subunit binding ...cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / myosin complex / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / myosin II complex / cAMP-dependent protein kinase complex / microfilament motor activity / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum exit site / cAMP binding / GTPase activator activity / actin filament organization / SNARE binding / methyltransferase activity / intracellular protein transport / actin filament binding / actin cytoskeleton organization / methylation / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CLU domain / CLU domain containing protein / CLU central domain / : / Translation initiation factor eIF3 subunit 135 / Clueless (Clu) domain profile. / : / : / Protein transport protein Sec23 / : ...CLU domain / CLU domain containing protein / CLU central domain / : / Translation initiation factor eIF3 subunit 135 / Clueless (Clu) domain profile. / : / : / Protein transport protein Sec23 / : / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / : / Filamin family / Gelsolin-like domain superfamily / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Filamin/ABP280 repeat / Tetratricopeptide repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Ca2+ insensitive EF hand / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / EF hand / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Ankyrin repeats (many copies) / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / B-box zinc finger / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / EF-hand domain pair / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / SET domain superfamily / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / : / PH domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Pleckstrin homology domain. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Pleckstrin homology domain / RmlC-like jelly roll fold / EF-hand domain pair / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GYF domain-containing protein / Protein transport protein SEC23 / B-box zinc finger domain-containing protein / Uncharacterized protein / Calmodulin / Putative transport protein Sec24 / Calmodulin / Zinc finger protein / Putative myosin light chain MLC4 / Formin 1 ...GYF domain-containing protein / Protein transport protein SEC23 / B-box zinc finger domain-containing protein / Uncharacterized protein / Calmodulin / Putative transport protein Sec24 / Calmodulin / Zinc finger protein / Putative myosin light chain MLC4 / Formin 1 / Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein / Histone lysine methyltransferase, SET, putative / Filamin/ABP280 repeat-containing protein / Myosin head (Motor domain) domain-containing protein / Clu domain-containing protein / Leucine rich repeat-containing protein / CLU central domain-containing protein / PH domain-containing protein / Uncharacterized protein / Filamin/ABP280 repeat-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Zeng, J. / Zhang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI179885 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomic models of the conoid, the cell invasion machinery of the human parasite Toxoplasma gondii
著者: Zeng, J. / Fu, Y. / Qian, P. / Sibley, L.D. / Zhang, R.
履歴
登録2025年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: PCR5, TGME49_242320
AB: PCR4, TGME49_201220
AC: PCR4, TGME49_201220
AD: PCR5, TGME49_242320
AE: PCR5, TGME49_242320
AF: PCR4, TGME49_201220
AG: PCR4, TGME49_201220
AH: PCR5, TGME49_242320
AI: PCR5, TGME49_242320
AJ: PCR4, TGME49_201220
AK: PCR4, TGME49_201220
AL: PCR5, TGME49_242320
BA: Formin 1
BB: Formin 1
BC: Formin 1
CA: Formin 1
CB: Formin 1
CC: Formin 1
CE: Formin 1
CF: Formin 1
CG: Formin 1
CI: Formin 1
CJ: Formin 1
CL: Formin 1
DA: PCR11, TGME49_209490
DB: PCR11, TGME49_209490
DC: PCR11, TGME49_209490
DD: PCR11, TGME49_209490
DE: PCR11, TGME49_209490
DF: PCR11, TGME49_209490
EA: CGP, TGME49_240380
EB: CGP, TGME49_240380
EC: CGP, TGME49_240380
FA: FLM1, TGME49_271780
FB: FLM1, TGME49_271780
FC: FLM1, TGME49_271780
FD: FLM1, TGME49_271780
FE: FLM1, TGME49_271780
FF: FLM1, TGME49_271780
GA: Transport protein Sec24
GB: Protein transport protein SEC23
GC: Transport protein Sec24
GD: Protein transport protein SEC23
GE: Transport protein Sec24
GF: Protein transport protein SEC23
GG: Transport protein Sec24
GH: Protein transport protein SEC23
GI: Transport protein Sec24
GJ: Protein transport protein SEC23
GK: Transport protein Sec24
GL: Protein transport protein SEC23
HA: FLM2, TGME49_285990
HB: FLM2, TGME49_285990
HC: FLM2, TGME49_285990
HD: FLM2, TGME49_285990
IA: PCR12, TGME49_292170
IB: PCR12, TGME49_292170
IC: PCR12, TGME49_292170
JA: PCR10, TGME49_298010
JB: PCR10, TGME49_298010
JC: PCR10, TGME49_298010
KA: PCR14, TGME49_311880
KB: PCR14, TGME49_311880
KC: PCR14, TGME49_311880
KE: PCR14, TGME49_311880
KF: PCR14, TGME49_311880
KG: PCR14, TGME49_311880
LA: ICAP16, TGME49_202120
LB: ICAP16, TGME49_202120
LC: ICAP16, TGME49_202120
LD: ICAP16, TGME49_202120
LE: ICAP16, TGME49_202120
LF: ICAP16, TGME49_202120
LG: ICAP16, TGME49_202120
LH: ICAP16, TGME49_202120
LI: ICAP16, TGME49_202120
LJ: ICAP16, TGME49_202120
LK: ICAP16, TGME49_202120
LL: ICAP16, TGME49_202120
LM: ICAP16, TGME49_202120
LN: ICAP16, TGME49_202120
LO: ICAP16, TGME49_202120
LP: ICAP16, TGME49_202120
MA: PCR12, TGME49_219070
MB: PCR12, TGME49_219070
MC: PCR12, TGME49_219070
MD: PCR12, TGME49_219070
ME: PCR12, TGME49_219070
MF: PCR12, TGME49_219070
MG: PCR12, TGME49_219070
MH: PCR12, TGME49_219070
MI: PCR12, TGME49_219070
MJ: PCR12, TGME49_219070
MK: PCR12, TGME49_219070
ML: PCR12, TGME49_219070
NA: myosin L, TGME49_291020
NB: myosin L, TGME49_291020
NC: myosin L, TGME49_291020
ND: myosin L, TGME49_291020
OA: PCR13, TGME49_284620
OB: PCR13, TGME49_284620
OC: PCR13, TGME49_284620
PA: PCR15, TGME49_232560
PB: PCR15, TGME49_232560
PC: PCR15, TGME49_232560
QA: MLC4, TGME49_294390
QB: MLC4, TGME49_294390
QC: MLC4, TGME49_294390
QD: MLC4, TGME49_294390
RA: Calmodulin
RB: Calmodulin
RC: Calmodulin
RD: Calmodulin
SA: Calmodulin
SB: Calmodulin
SC: Calmodulin
SD: Calmodulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,832,884117
ポリマ－23,832,884117
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 20種, 117分子 AAADAEAHAIALABACAFAGAJAKBABBBCCACBCCCECFCGCICJCLDADBDCDDDEDF...

#1: タンパク質
PCR5, TGME49_242320 / B-box zinc finger domain-containing protein


分子量: 119326.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YZK2
#2: タンパク質
PCR4, TGME49_201220 / Zinc finger protein


分子量: 68040.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6K7R7
#3: タンパク質
Formin 1 / FRM1 / TGME49_206430


分子量: 552604.500 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: D0V3Y0
#4: タンパク質
PCR11, TGME49_209490


分子量: 56836.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A151HGZ3
#5: タンパク質 CGP, TGME49_240380 / Clu domain-containing protein


分子量: 545690.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F7I2
#6: タンパク質
FLM1, TGME49_271780 / Filamin/ABP280 repeat-containing protein


分子量: 303103.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F1N8
#7: タンパク質
Transport protein Sec24 / SEC24 / TGME49_277000


分子量: 108131.289 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JV06
#8: タンパク質
Protein transport protein SEC23 / SEC23 / TGME49_291680


分子量: 87697.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YTJ1
#9: タンパク質
FLM2, TGME49_285990 / Filamin/ABP280 repeat-containing protein


分子量: 131144.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GR55
#10: タンパク質 PCR12, TGME49_292170 / Histone lysine methyltransferase / SET / putative


分子量: 175593.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F0I2
#11: タンパク質 PCR10, TGME49_298010 / CLU central domain-containing protein


分子量: 261711.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8FEI7
#12: タンパク質
PCR14, TGME49_311880 / GYF domain-containing protein


分子量: 81526.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A125YI95
#13: タンパク質
ICAP16, TGME49_202120 / PH domain-containing protein


分子量: 147400.141 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GEJ5
#14: タンパク質
PCR12, TGME49_219070 / Cyclic nucleotide-binding domain-containing protein


分子量: 310184.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8EN17, cGMP-dependent protein kinase
#15: タンパク質
myosin L, TGME49_291020


分子量: 278088.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8F3J9
#16: タンパク質 PCR13, TGME49_284620 / Leucine rich repeat-containing protein


分子量: 254343.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8FB83
#17: タンパク質 PCR15, TGME49_232560


分子量: 200557.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: S8GK29
#18: タンパク質
MLC4, TGME49_294390 / Putative myosin light chain MLC4


分子量: 19716.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6KI07
#19: タンパク質
Calmodulin / CAM1 / TGME49_246930


分子量: 19070.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JTN7
#20: タンパク質
Calmodulin / CAM4 / TGME49_249240


分子量: 16819.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 参照: UniProt: A0A7J6JVC7

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: conoid fiber from Toxoplasma gondii (24-nm repeat) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131707 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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