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万見
- PDB-9y5r: Eukaryotic translation initiation factor 2-B (eIF2B) bound to pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y5r
タイトルEukaryotic translation initiation factor 2-B (eIF2B) bound to phosphorylated eIF2alpha (NTD)
要素
  • (Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 5
  • Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
キーワードTRANSLATION / Guanine nucleotide exchange factor / GEF / initiation
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation ternary complex / cap-dependent translation initiation factor activity / IRES-mediated translation initiation factor activity / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / HRI-mediated signaling ...translation initiation ternary complex / cap-dependent translation initiation factor activity / IRES-mediated translation initiation factor activity / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / glial limiting end-foot / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / Cellular response to mitochondrial stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / HRI-mediated signaling / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / Recycling of eIF2:GDP / astrocyte development / PERK regulates gene expression / response to kainic acid / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / astrocyte differentiation / eukaryotic 48S preinitiation complex / oligodendrocyte development / regulation of translational initiation / cytoplasmic translational initiation / ovarian follicle development / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / response to glucose / positive regulation of translational initiation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / mitophagy / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / myelination / translation initiation factor activity / translation initiation factor binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to endoplasmic reticulum stress / hippocampus development / cellular response to amino acid starvation / stress granule assembly / central nervous system development / translational initiation / PKR-mediated signaling / response to peptide hormone / ABC-family protein mediated transport / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / regulation of translation / cellular response to heat / response to heat / ribosome binding / cellular response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / synapse / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / : / : / : / EIF2B subunit epsilon LbH domain / Initiation factor 2B-related ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / : / : / : / EIF2B subunit epsilon LbH domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / S1 RNA binding domain / S1 domain / Armadillo-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Dalwadi, U. / Croll, T. / Subramanian, A. / Lee, D.J. / Arthur, C. / Walter, P. / Frost, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Allosteric disordering of eIF2B regulates the integrated stress response.
著者: Udit Dalwadi / Advait Subramanian / Aniliese Deal / Julia E Conrad / Tamara Nadjsombati / Meera Venkatesh / Morgane Boone / Pascal F Egea / Lingjie He / Nimit Jain / D John Lee / Yuwei Liu / ...著者: Udit Dalwadi / Advait Subramanian / Aniliese Deal / Julia E Conrad / Tamara Nadjsombati / Meera Venkatesh / Morgane Boone / Pascal F Egea / Lingjie He / Nimit Jain / D John Lee / Yuwei Liu / Lucas C Reineke / Kazuki Saito / Nathaniel Talledge / Hannah Toutkoushian / Maxence Le Vasseur / Francesca Zappa / Raoul J de Groot / Diego Acosta-Alvear / Christopher P Arthur / Jodi Nunnari / Susan Marqusee / Rosalie E Lawrence / Mauro Costa-Mattioli / James J Crawford / Frank J M van Kuppeveld / Tristan I Croll / Peter Walter / Adam Frost /
要旨: The ternary complex, composed of eIF2, GTP and initiator methionyl-tRNA, delivers the first amino acid to the ribosome to initiate protein synthesis. Eukaryotic initiation factor 2B (eIF2B) catalyzes ...The ternary complex, composed of eIF2, GTP and initiator methionyl-tRNA, delivers the first amino acid to the ribosome to initiate protein synthesis. Eukaryotic initiation factor 2B (eIF2B) catalyzes GDP to GTP exchange on eIF2, thereby setting the ternary complex level. Stress-induced phosphorylation converts eIF2 from the substrate of eIF2B into an inhibitor (eIF2-P). This conversion reduces ternary complex levels and induces the integrated stress response (ISR). Here we chart an allosteric axis running through eIF2B, revealing the importance of an α-helix in its β-subunit, the 'latch-helix', that hooks onto the α-subunit to induce eIF2B activity. eIF2-P binding promotes latch-helix unhooking, opening eIF2B, which inhibits its activity. Convergently evolved viral proteins stabilize this latch-helix-binding active state of eIF2B. Using these insights, we generated ISR-activating compounds that stabilize eIF2B in its inhibited, unlatched state. Our study thus highlights how long-range eIF2B allostery can be pharmacologically manipulated to sustain or attenuate the ISR.
履歴
登録2025年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
I: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
J: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
L: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
M: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)577,81516
ポリマ－577,61412
非ポリマー2024
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 80452.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13144
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / S20I15 / S20III15 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 41008.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49770
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B4, EIF2BD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI10
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 33754.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232
#5: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR50

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タンパク質 , 1種, 2分子 LM

#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha / eIF-2A / eIF-2alpha / eIF2-alpha


分子量: 25647.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2S1, EIF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05198

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非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: eIF2B bound to phospho-eIF2alpha(S51P) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 577213.2 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 40 mM HEPES KOH pH 7.4, 150 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMPotassium chlorideKCl1
32 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 16000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16195
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 221364
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130953 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6o9z

6o9z


Accession code: 6o9z / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.01→3.01 Å / Num. reflection obs: 3921563 / Average fsc work: 0.7403
原子変位パラメータBiso mean: 102.52 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
ELECTRON MICROSCOPYs_bond_nonh_d0.0079321560.0119
ELECTRON MICROSCOPYs_angle_nonh_deg1.6375435441.8265
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_1_deg7.476140105
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_2_deg4.087710125
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_3_deg11.1953867810
ELECTRON MICROSCOPYs_dihedral_angle_6_deg14.3204160810
ELECTRON MICROSCOPYs_chiral_restr0.065450640.1311
ELECTRON MICROSCOPYs_planes0.0051446960.02
ELECTRON MICROSCOPYs_nbd0.2105431300.2
ELECTRON MICROSCOPYs_nbtor0.2242574660.2
ELECTRON MICROSCOPYs_hbond_nbd0.10476580.2
ELECTRON MICROSCOPYs_metal_ion0.208220.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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