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万見
- PDB-9wfh: Carbohydrate-binding module 32 of LnbB from Bifidobacterium bifid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wfh
タイトルCarbohydrate-binding module 32 of LnbB from Bifidobacterium bifidum, ligand free form, multiple small-wedge data set
要素Lacto-N-biosidase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING MODULE FAMILY 32 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lacto-N-biosidase / lacto-N-biosidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Beta-hexosaminidase / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 ...: / Beta-hexosaminidase / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / F5/8 type C domain / Ricin B, lectin domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Ricin B-like lectins / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, X. / Kashima, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00322 日本
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lacto-N-biose I recognition by a family 32 carbohydrate-binding module from Bifidobacterium bifidum.
著者: Zhang, X. / Sunagawa, N. / Kashima, T. / Igarashi, K. / Miyanaga, A. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum.
著者: Ito, T. / Katayama, T. / Hattie, M. / Sakurama, H. / Wada, J. / Suzuki, R. / Ashida, H. / Wakagi, T. / Yamamoto, K. / Stubbs, K.A. / Fushinobu, S.
履歴
登録2025年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lacto-N-biosidase
B: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9714
ポリマ－38,8912
非ポリマー802
水2,450136
1
A: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4852
ポリマ－19,4451
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4852
ポリマ－19,4451
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.780, 54.780, 202.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Lacto-N-biosidase / LNBase


分子量: 19445.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
遺伝子: lnbB / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CONDONPLUS-RIL / 参照: UniProt: B3TLD6, lacto-N-biosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: TRIS-HCL, AMMONIUM SULFATE, PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月9日
放射モノクロメーター: LIQUID-NITROGEN-COOLED SI DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 21990 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 45.5 % / Biso Wilson estimate: 17.86 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.1823 / Rrim(I) all: 0.1844 / Net I/σ(I): 8.84
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 40.4 % / Rmerge(I) obs: 1.038 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 2654 / CC1/2: 0.618 / Rrim(I) all: 1.051 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.554 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24034 1071 4.9 %RANDOM
Rwork0.22447 ---
obs0.22527 20822 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å20 Å2-0 Å2
2--2.17 Å20 Å2
3----4.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 2 136 2568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0122496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.7733427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5111.7375171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.165321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.91552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70510344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7522.0961290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7512.0961290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0283.7471609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0273.751610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0612.2181206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.062.2211207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4743.9751819
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.19520.572787
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.17220.422776
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 81 -
Rwork0.352 1491 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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