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- PDB-9vak: Carbohydrate-binding module 32 of LnbB from Bifidobacterium bifid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vak
タイトルCarbohydrate-binding module 32 of LnbB from Bifidobacterium bifidum, LNB complex
要素Lacto-N-biosidase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate Binding Module Family 32 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


lacto-N-biosidase / lacto-N-biosidase activity / beta-N-acetylhexosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Beta-hexosaminidase / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments ...: / Beta-hexosaminidase / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / F5/8 type C domain / Ricin B, lectin domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Ricin B-like lectins / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, X. / Kashima, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00322 日本
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into lacto-N-biose I recognition by a family 32 carbohydrate-binding module from Bifidobacterium bifidum
著者: Zhang, X. / Sunagawa, N. / Kashima, T. / Igarashi, K. / Miyanaga, A. / Fushinobu, S.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum.
著者: Ito, T. / Katayama, T. / Hattie, M. / Sakurama, H. / Wada, J. / Suzuki, R. / Ashida, H. / Wakagi, T. / Yamamoto, K. / Stubbs, K.A. / Fushinobu, S.
履歴
登録2025年6月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lacto-N-biosidase
B: Lacto-N-biosidase
C: Lacto-N-biosidase
D: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,47512
ポリマ－77,7814
非ポリマー1,6948
水6,846380
1
A: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8693
ポリマ－19,4451
非ポリマー4232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8693
ポリマ－19,4451
非ポリマー4232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8693
ポリマ－19,4451
非ポリマー4232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8693
ポリマ－19,4451
非ポリマー4232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.489, 105.802, 122.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)

-
要素

#1: タンパク質
Lacto-N-biosidase / LNBase


分子量: 19445.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
遺伝子: lnbB / プラスミド: pET38b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CondonPlus-RIL / 参照: UniProt: B3TLD6, lacto-N-biosidase
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Lithium chloride, HEPES-NaOH, PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年12月22日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.54 Å / Num. obs: 50324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.05 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.927 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3663 / CC1/2: 0.721 / Rpim(I) all: 0.376 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.54 Å / SU ML: 0.2128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 20.3036
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 2559 5.09 %
Rwork0.1983 47707 -
obs0.1999 50266 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4872 0 108 380 5360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00675108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76787012
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0547812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45161860
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.30711400.24342642X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.080.25381380.24182576X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.26271410.23072621X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.24371460.22012612X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.230.26661370.20912590X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.290.26191660.20672583X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.360.26741450.20982647X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.27041240.21032630X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.520.26021440.22182642X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.620.25331170.20852626X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.740.26411440.21112649X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.880.23871480.20312626X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.060.21651300.20682675X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.30.19331370.1922674X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-3.630.23021560.18262653X-RAY DIFFRACTION100
3.63-4.160.18731580.17212664X-RAY DIFFRACTION100
4.16-5.240.18711460.16822729X-RAY DIFFRACTION100
5.24-48.540.2051420.18812868X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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