PDB-9w7o: Crystal Structure of Taniborbactam in complex with SME-1 class A ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w7o

タイトル

Crystal Structure of Taniborbactam in complex with SME-1 class A Carbapenemase

要素

Beta-lactamase SME-1

キーワード

HYDROLASE / Boronic acid based transition state analogue (Batsa)

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Beyond structure and activity: targeting class A carbapenemases with monocyclic and bicyclic boronic acids to counter antimicrobial resistance.
著者: Dhankhar, K. / Hazra, M. / Nair, A.S.R. / Alhmeidi Alkhatib, A.E. / Mishra, N.C. / Hazra, S.

履歴

登録	2025年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w7o.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w7o.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/9w7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/9w7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9w7nC 9w7pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase SME-1

B: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase SME-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.817, 51.512, 74.697
Angle α, β, γ (deg.)	90, 113.075, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase SME-1 分子量: 29386.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) 遺伝子: SME-1, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, bpl-1, bplA, sme-2, smeA 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52682, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-KJK / (3~{R})-3-[2-[4-(2-azanylethylamino)cyclohexyl]ethanoylamino]-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid 分子量: 389.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₈BN₃O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, PEG 4000 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.887 Å / Num. obs: 46191 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.961 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 2776 / CC_1/2: 0.717

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→24.887 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 3.794 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.168

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	1855	4.944 %
R_work	0.1842	35667	-
all	0.187	-	-
obs	-	37522	99.88 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.659 Å²	-0 Å²	-0.373 Å²
2-	-	0.405 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.548 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→24.887 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4120	0	82	349	4551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.948	1.819	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.642	5	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.447	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.124	10	757
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.968	10	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.098	1.177	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.764	2.109	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.178	1.452	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.399	2.543	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.862	15.337	6882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.93-1.98	0.258	133	0.195	2620	0.198	2753	0.956	0.974	100	0.181
1.98-2.034	0.27	140	0.186	2533	0.19	2673	0.953	0.976	100	0.171
2.034-2.092	0.198	117	0.177	2485	0.178	2602	0.974	0.979	100	0.162
2.092-2.156	0.245	118	0.183	2427	0.186	2546	0.962	0.976	99.9607	0.167
2.156-2.226	0.237	112	0.184	2326	0.186	2438	0.966	0.978	100	0.167
2.226-2.304	0.229	118	0.18	2246	0.183	2364	0.969	0.979	100	0.165
2.304-2.39	0.253	116	0.181	2187	0.185	2303	0.961	0.979	100	0.166
2.39-2.487	0.265	108	0.182	2088	0.186	2196	0.959	0.979	100	0.166
2.487-2.596	0.248	88	0.189	2045	0.192	2134	0.965	0.978	99.9531	0.174
2.596-2.721	0.315	114	0.201	1911	0.207	2025	0.944	0.976	100	0.186
2.721-2.867	0.279	82	0.21	1841	0.213	1923	0.952	0.973	100	0.197
2.867-3.038	0.317	105	0.204	1730	0.21	1835	0.936	0.973	100	0.194
3.038-3.244	0.273	92	0.196	1641	0.2	1734	0.957	0.976	99.9423	0.19
3.244-3.499	0.242	89	0.199	1509	0.201	1601	0.959	0.976	99.8126	0.195
3.499-3.826	0.217	72	0.172	1416	0.174	1490	0.971	0.983	99.8658	0.173
3.826-4.265	0.197	72	0.165	1273	0.167	1349	0.978	0.986	99.7035	0.169
4.265-4.9	0.143	59	0.142	1139	0.142	1205	0.988	0.989	99.4191	0.15
4.9-5.944	0.185	63	0.17	975	0.171	1040	0.977	0.983	99.8077	0.173
5.944-8.177	0.153	33	0.186	786	0.184	819	0.99	0.984	100	0.186
8.177-24.887	0.255	24	0.203	488	0.205	515	0.951	0.982	99.4175	0.209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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