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- PDB-9w7n: Crystal Structure of Vaborbactam in complex with SME-1 class A Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w7n
タイトルCrystal Structure of Vaborbactam in complex with SME-1 class A Carbapenemase
要素Beta-lactamase SME-1
キーワードHYDROLASE / Boronic acid / Transition state analogue / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Vaborbactam / Beta-lactamase SME-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dhankhar, K. / Hazra, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Indian Council of Medical Research インド
Board of Research in Nuclear Sciences (BRNS) インド
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Beyond structure and activity: targeting class A carbapenemases with monocyclic and bicyclic boronic acids to counter antimicrobial resistance.
著者: Dhankhar, K. / Hazra, M. / Nair, A.S.R. / Alhmeidi Alkhatib, A.E. / Mishra, N.C. / Hazra, S.
履歴
登録2025年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase SME-1
B: Beta-lactamase SME-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8177
ポリマ－58,7722
非ポリマー1,0455
水4,270237
1
A: Beta-lactamase SME-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9404
ポリマ－29,3861
非ポリマー5533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase SME-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8783
ポリマ－29,3861
非ポリマー4912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.039, 51.011, 130.533
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.799, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase SME-1


分子量: 29386.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌)
遺伝子: SME-1, blaSME-1, blaSME-4, blaSME1, bpl-1, bplA, sme-2, smeA
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52682, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-4D6 / Vaborbactam / {(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]-1,2-oxaborinan-6-yl}acetic acid / 2-((3R,6S)-2-hydroxy-3-(2-(thiophen-2-yl)acetamido)-1,2-oxaborinan-6-yl)acetic acid / 2-[(3R,6S)-2-hydroxy-3-[(2-thiophen-2-ylacetyl)amino]oxaborinan-6-yl]acetic acid / 1,2-Oxaborinane-6-acetic acid, 2-hydroxy-3-((2-(2-thienyl)acetyl)amino)-, (3R,6S)-


分子量: 297.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H16BNO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium chloride, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.92 Å / Num. obs: 32253 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 2304 / CC1/2: 0.898

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→23.764 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.326 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.188 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2418 1604 4.975 %
Rwork0.1849 30636 -
all0.188 --
obs-32240 99.827 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.094 Å20 Å20.271 Å2
2--1.881 Å20 Å2
3----3.983 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 70 237 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.8255834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8795546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.532534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.95710758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.85910191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22979
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2940.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2681.2032148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7212.1632685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.971.3262182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5192.3773142
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it27.08415.2796951
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.3634330
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0510.2781200.20421700.20823170.950.97698.83470.193
2.051-2.1070.3071310.20221850.20723160.9460.9761000.187
2.107-2.1680.2861120.20320900.20722020.9340.9761000.187
2.168-2.2340.2881060.19321090.19822150.9470.9781000.176
2.234-2.3060.277810.17820210.18221020.9480.9821000.162
2.306-2.3860.2471010.18719360.1920370.9620.981000.171
2.386-2.4760.269880.19318660.19719540.9530.9781000.177
2.476-2.5760.223840.18418340.18619180.9680.9811000.168
2.576-2.6890.246890.18917130.19118020.9550.9791000.172
2.689-2.8180.2191040.19816480.19917520.9630.9761000.185
2.818-2.9680.31970.2115770.21516740.9360.9711000.195
2.968-3.1450.292940.20314680.20815620.9410.9731000.192
3.145-3.3580.235800.20314010.20514810.9660.9751000.194
3.358-3.6210.225720.18713410.18914130.9720.9811000.183
3.621-3.9580.223490.16112250.16312740.9760.9851000.158
3.958-4.4090.153640.1510930.1511570.9840.9881000.15
4.409-5.0630.147330.14210090.14310420.9860.9891000.143
5.063-6.1310.256350.1958530.1978880.9660.9821000.192
6.131-8.3960.14300.156790.157090.9890.991000.151
8.396-23.7640.17340.1584160.1594540.9820.98799.11890.157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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