PDB-9vz0: Cryo-EM structure of the head of contracted P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9vz0

タイトル

Cryo-EM structure of the head of contracted P1

要素

Defense against restriction protein A
Hdf

キーワード

VIRAL PROTEIN / head / contracted phage P1

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / viral capsid assembly / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage P1 (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å

データ登録者

Chen, Y. / Liu, H.R.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	12034006	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32430020	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32071209	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The in stiu structure of the head of contracted P1
著者: Chen, Y. / Liu, H.R.

履歴

登録	2025年7月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月22日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9vz0.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9vz0.ent.gz	43.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9vz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9vz0_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9vz0_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9vz0_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	9vz0_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/9vz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/9vz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	65475MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

H: Hdf

I: Defense against restriction protein A

91.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Hdf 分子量: 22189.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage P1 (ファージ) / 参照: UniProt: Q71TE2
#2: タンパク質	Defense against restriction protein A / DarA 分子量: 69550.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage P1 (ファージ) / 参照: UniProt: O21970
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Escherichia phage P1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Escherichia phage P1 (ファージ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影	電子線照射量: 32 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	EMAN		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487	モデル精密化
13	EMAN		３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3200 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	2218
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.744	2977
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.509	307
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	341
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.008	401

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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