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- PDB-9vpv: Crystal structure of the C131A mutant of Trypanosoma brucei DHODH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vpv
タイトルCrystal structure of the C131A mutant of Trypanosoma brucei DHODH in FMN-oxidized, orotate-bound form
要素Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
キーワードFLAVOPROTEIN / Ping-Pong Reaction Mechanism / Substrate/Product-enzyme interactions.
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / glycosome / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MALONATE ION / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kubota, T. / Tani, O. / Yamasaki, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural Basis of Redox-Dependent Affinities of Dihydroorotate Dehydrogenase for Its Substrates and Products.
著者: Tani, O. / Kubota, T. / Yamasaki, T. / Hirokawa, T. / Furukawa, K. / Yamasaki, K.
履歴
登録2025年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
B: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
C: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
D: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,54325
ポリマ－137,7664
非ポリマー3,77621
水5,801322
1
A: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
B: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,82213
ポリマ－68,8832
非ポリマー1,93911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21030 Å2
手法PISA
2
C: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
D: Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,72012
ポリマ－68,8832
非ポリマー1,83710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.687, 146.531, 65.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

21A-583-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / DHOD / DHODase / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 34441.594 Da / 分子数: 4 / 変異: A115V,C131A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb927.5.3830
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q57U83, dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ORO / OROTIC ACID


分子量: 156.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C5H4N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.2 M malonate, 0.1 M citrate (8.3), 100 mM Arg, 12.5 mM OA (co-crystallization).

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 53983 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.13 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.493 / Num. unique obs: 2659

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XFV

5xfv


解像度: 2.4→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.564 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22997 2640 4.9 %RANDOM
Rwork0.18313 ---
obs0.18545 51287 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9402 0 259 322 9983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0129858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0169332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.82413339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4691.73221566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6951219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.548548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.012101633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4772.9444900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4762.9444900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3765.2976111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3765.2986112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.073.2264958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0673.2244955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4695.8227229
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.68529.310780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.68529.3210749
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.458 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 193 -
Rwork0.304 3620 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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