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- PDB-9vn5: Structure of WDR5 in complex with MBD3C R43K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vn5
タイトルStructure of WDR5 in complex with MBD3C R43K
要素
  • Methyl-CpG binding domain protein 3
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードNUCLEAR PROTEIN / WDR5 / MBD3C / WIN motif / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis ...histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / Neddylation / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / WDR5 beta-propeller domain / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / WDR5 beta-propeller domain / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyl-CpG binding domain protein 3 / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xu, L. / Yang, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into lysine-mediated WIN site recognition reveal an alternative "AK" motif for WDR5 binding.
著者: Pan, Y. / Li, H. / Chen, L. / Sun, X. / Xu, L. / Yang, Y.
履歴
登録2025年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
C: Methyl-CpG binding domain protein 3
B: WD repeat-containing protein 5
D: Methyl-CpG binding domain protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3674
ポリマ－71,3674
非ポリマー00
水3,783210
1
A: WD repeat-containing protein 5
C: Methyl-CpG binding domain protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6842
ポリマ－35,6842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
2
B: WD repeat-containing protein 5
D: Methyl-CpG binding domain protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6842
ポリマ－35,6842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.265, 47.376, 129.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34646.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド Methyl-CpG binding domain protein 3


分子量: 1037.236 Da / 分子数: 2 / Mutation: R79K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbd3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3YTR4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M imidazole malate (pH 8.5) and 7.5% w/v PEG 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50854 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 5044 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.436

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
autoPXデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.3 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 2533 5 %
Rwork0.2052 --
obs0.2065 50649 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4834 0 0 210 5044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8396742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.551660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.39191460.36192542X-RAY DIFFRACTION95
1.93-1.970.30981280.32272698X-RAY DIFFRACTION99
1.97-2.020.36851440.30242648X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.060.3221360.28492684X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.120.28311380.27692634X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.170.28081410.2542699X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.240.25741530.23342638X-RAY DIFFRACTION97
2.24-2.310.27561480.25322548X-RAY DIFFRACTION96
2.31-2.390.23211330.22592701X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.490.29211420.21972698X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.60.26661420.21482684X-RAY DIFFRACTION99
2.6-2.740.26071520.21272673X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.910.22281240.20462649X-RAY DIFFRACTION97
2.91-3.130.24471430.2022708X-RAY DIFFRACTION98
3.13-3.450.22141290.19112722X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.950.18321300.17052758X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.970.16121660.1432638X-RAY DIFFRACTION97
4.97-43.30.2011380.18092794X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.55860.2146-1.39411.8199-0.14973.1938-0.01390.0948-0.1685-0.1486-0.0836-0.0940.0612-0.16440.09040.3391-0.01040.0630.17850.02570.150917.597113.12913.7459
25.23512.8582.25157.6451.37842.5541-0.1230.903-0.094-0.70610.1593-0.4784-0.11330.0759-0.0140.7-0.02460.1960.42440.02970.260523.818416.9251.2817
32.23420.5111-0.96332.4854-0.05585.6405-0.01410.1041-0.1141-0.0715-0.214-0.1897-0.0895-0.17590.21180.29270.0330.05330.1272-0.00150.210914.795236.465745.9004
42.0184-1.6662-1.88728.6227-1.67536.0833-0.2033-0.735-0.50560.8677-0.2910.3465-0.4144-0.42770.54590.45730.0230.02780.36230.01890.27798.228440.58858.0539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 31 through 334)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 40 through 49)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 31 through 334)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 40 through 49)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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