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- PDB-9vis: Crystal strcture of adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vis
タイトルCrystal strcture of adenosylcobinamide kinase/adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase CobU from Akkermansia muciniphila in complex with AdoCbi-GDP
要素Adenosylcobinamide kinase
キーワードTRANSFERASE / VB12 / Cobamide remodeling / CobU / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide phosphate guanylyltransferase / Akkermansia muciniphila
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylcobinamide kinase activity / adenosylcobinamide kinase / adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Cobinamide kinase/cobinamide phosphate guanyltransferase / Cobinamide kinase / cobinamide phosphate guanyltransferase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Adenosylcobinamide kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jiang, M. / Kong, C. / Wei, Q. / Guo, S. / Chen, X. / Wang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2108085MC75 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase activity of CobU from Akkermansia muciniphila.
著者: Jiang, M. / Kong, C. / Wei, Q. / Guo, S. / Chen, X. / Li, Q. / Wang, M.
履歴
登録2025年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylcobinamide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8613
ポリマ－22,1071
非ポリマー1,7542
水3,567198
1
A: Adenosylcobinamide kinase
ヘテロ分子

A: Adenosylcobinamide kinase
ヘテロ分子

A: Adenosylcobinamide kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5829
ポリマ－66,3223
非ポリマー5,2616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7050 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.729, 89.729, 89.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Adenosylcobinamide kinase / Adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase


分子量: 22107.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア)
遺伝子: Amuc_1678 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2UM52, adenosylcobinamide kinase, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-A1ER6 / adenosylcobinamide-GDP


分子量: 1661.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C68H93CoN21O21P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate 20% Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 20790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.3 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.85-1.9239.91.68720600.8340.9540.271.7080.922
1.92-1.9939.41.120460.9180.9780.1771.1140.959
1.99-2.0840.10.68320710.9710.9930.1090.6920.998
2.08-2.1939.10.50820400.980.9950.0820.5151.007
2.19-2.3339.10.32320560.9910.9980.0520.3271.085
2.33-2.5140.40.2220690.9960.9990.0350.2231.095
2.51-2.7639.10.14720570.99810.0240.1491.09
2.76-3.1639.90.09120930.99910.0150.0921.074
3.16-3.9939.30.0532109110.0090.0540.978
3.99-5037.30.0352189110.0060.0360.702

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→44.86 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2106 1040 5.09 %
Rwork0.1787 --
obs0.1804 20429 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 119 198 1736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0782218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.671760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.950.27051320.24732684X-RAY DIFFRACTION95
1.95-2.070.21891350.19712716X-RAY DIFFRACTION97
2.07-2.230.26191290.22282716X-RAY DIFFRACTION98
2.23-2.460.23091620.2142749X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.810.23491640.20742796X-RAY DIFFRACTION99
2.81-3.540.21211760.17792794X-RAY DIFFRACTION100
3.54-44.860.17861420.14332934X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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