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万見
- PDB-9vid: cryo-EM structure of alligator haemoglobin in the R conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vid
タイトルcryo-EM structure of alligator haemoglobin in the R conformation
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN BINDING / haemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Alligator mississippiensis (ワニ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Takahashi, K. / Lee, Y. / Nishizawa, T. / Tame, J.R.H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Conformational analysis of liganded human hemoglobin by cryo electron microscopy
著者: Takahashi, K. / Lee, Y. / Nishizawa, T. / Tame, J.R.H.
履歴
登録2025年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8226
ポリマ－32,5332
非ポリマー1,2894
水00
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,64312
ポリマ－65,0654
非ポリマー2,5788
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (-1), (1)261.12, 261.12

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15891.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alligator mississippiensis (ワニ) / 参照: UniProt: P01999
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16641.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alligator mississippiensis (ワニ) / 参照: UniProt: P02130
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: alligator haemoglobin in carboxy form / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Alligator mississippiensis (ワニ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.2粒子像選択
2REFMAC5.8.0419モデル精密化
5cryoSPARC4.6.2CTF補正
10cryoSPARC4.6.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 371597 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8WIX

8wix


Accession code: 8WIX / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.22→2.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.849 / SU B: 3.455 / SU ML: 0.078 / ESU R: 0.127
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32166 --
obs0.32166 89772 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 47.332 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 2373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.0122448
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0162252
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.7231.7183335
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6171.6325174
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.0785285
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg10.397510
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.53410392
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1040.2343
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.022848
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0070.02582
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.4044.21148
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.4024.1951147
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it7.4457.5891429
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other7.4487.5971430
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.9345.0921300
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other7.8995.0881298
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other12.3528.8341906
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined15.13353.3410119
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other15.1253.3310117
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork2.317 6629 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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