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- PDB-9vem: SIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vem
タイトルSIRT2 structure in complex with H3K18myr peptide and native NAD: pre-catalysis state 1
要素
  • Histone H3.1
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードHYDROLASE / Deacylated / cell cycle regulation / Metabolic regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / paranode region of axon / regulation of exit from mitosis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / Schmidt-Lanterman incisure / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / regulation of phosphorylation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / protein lysine deacetylase activity / response to redox state / regulation of myelination / positive regulation of DNA binding / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / lipid catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / centriole / substantia nigra development / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / negative regulation of autophagy / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / epigenetic regulation of gene expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ubiquitin binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / meiotic cell cycle / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / autophagy / Pre-NOTCH Transcription and Translation / spindle / histone deacetylase binding / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / mitotic spindle / structural constituent of chromatin / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Histone H3.1 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Zhang, N. / Hao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)2023B0303000003 中国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of SIRT2 pre-catalysis NAD + binding dynamics and mechanism.
著者: Zhang, N. / Pow, K.C. / Chen, L. / Hao, Q.
履歴
登録2025年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,69013
ポリマ－35,1192
非ポリマー1,57211
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.859, 76.409, 55.64
Angle α, β, γ (deg.)90, 97.293, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / NAD-dependent protein defatty-acylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34404.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, protein acetyllysine N-acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 713.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

-
非ポリマー , 7種, 45分子

#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris 8.0, 25% PEG 2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→55.251 Å / Num. obs: 10021 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.68 Å / Num. unique obs: 1234 / CC1/2: 0.767

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.100)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X3O

4x3o


解像度: 2.57→55.251 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 25.946 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.352 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 495 4.975 %
Rwork0.1867 9455 -
all0.19 --
obs-9950 98.417 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.424 Å2-0 Å20.588 Å2
2--0.768 Å2-0 Å2
3----0.479 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→55.251 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2266 0 100 34 2400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0122439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.8313283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5131.7375223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1455302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.023514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.4652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.70310390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.0251095
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2090.22156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1960.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1580.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1590.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5562.4911211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5562.4911211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5744.4651512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5734.4651513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7732.6611228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7722.6621229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.794.811771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7894.811772
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.08125.1982687
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.0825.22688
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.57-2.6360.336310.2687160.2717510.9440.95199.46740.261
2.636-2.7090.339400.2286820.2347230.9140.96499.86170.217
2.709-2.7870.281280.2016610.2056900.9490.97399.85510.188
2.787-2.8720.227290.1866600.1886900.9630.97699.85510.172
2.872-2.9660.28370.1746180.1796610.960.98199.09230.158
2.966-3.070.152270.1576210.1576510.9850.98499.53920.144
3.07-3.1860.236340.1975750.1996140.9570.97599.18570.18
3.186-3.3150.292310.2025550.2075930.9340.97498.81960.186
3.315-3.4620.389290.2035440.2115800.8760.97398.79310.19
3.462-3.630.329260.1964820.2025270.9390.97496.39470.181
3.63-3.8260.245280.1844810.1885380.9570.97894.60970.175
3.826-4.0570.225240.1614570.1644860.9730.98698.97120.161
4.057-4.3350.23240.1544410.1584660.9620.98599.78540.157
4.335-4.680.219260.1334040.1384360.9680.9998.62390.138
4.68-5.1230.195180.1673700.1693950.9770.98498.22780.176
5.123-5.7220.254100.2043490.2063630.9390.97498.89810.21
5.722-6.5950.406200.2212980.2313250.9420.9797.84620.227
6.595-8.0490.364130.1982460.2042790.9530.97692.83150.214
8.049-11.2640.208100.1831900.1842130.9740.97793.89670.195
11.264-55.2510.255100.2521050.2521290.970.95589.14730.252
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.348-0.0688-0.31432.6876-0.08462.9917-0.02230.1521-0.1134-0.163-0.03870.071-0.0197-0.20240.0610.012-0.01210.00180.1877-0.01070.12756.49255.674221.6185
20.7016-0.6432-0.18658.4772-0.35950.1412-0.44130.0839-0.5525-0.03610.2967-0.32690.2895-0.00560.14460.6817-0.03730.22970.3874-0.0580.60286.843-5.8678.6898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA52 - 611
2X-RAY DIFFRACTION2ALLC7 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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