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- PDB-9vdj: Serial synchrotron crystallography structure of a ba3-type cytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vdj
タイトルSerial synchrotron crystallography structure of a ba3-type cytochrome c oxidase using a goniometer-compatible chip-based platform
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proton-pump / Bioenergetics / complex IV / serial crystallography / lipidic cubic phase
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Copper centre Cu(A) / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A, ba3 type / Cytochrome c oxidase subunit IIa family / Ba3-like heme-copper oxidase subunit I / Cytochrome C oxidase subunit IIa, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane / Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / : / Copper centre Cu(A) / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-AS / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kabbinale, A. / Branden, G. / Neutze, R. / Ghosh, S.
資金援助European Union, スウェーデン, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)789030 and 963936European Union
Swedish Research Council2017-06734, 2021-05662 and 2021-05981 スウェーデン
Swedish Research Council2015-00560 スウェーデン
The Swedish Foundation for Strategic ResearchID17-0060 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2026
タイトル: A user-friendly goniometer-compatible fixed-target platform for macromolecular crystallography at synchrotrons.
著者: Ghosh, S. / Banacore, A. / Norder, P. / Bjelcic, M. / Kabbinale, A. / Nileshwar, P. / Wehlander, G. / de Sanctis, D. / Basu, S. / Orlans, J. / Vallejos, A. / Chavas, L.M.G. / Neutze, R. / Branden, G.
履歴
登録2025年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase polypeptide 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,96722
ポリマ－85,8913
非ポリマー7,07619
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13930 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area26270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.850, 100.320, 96.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c ba(3) subunit I / Cytochrome c oxidase polypeptide I / Cytochrome cba3 subunit 1


分子量: 63540.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
遺伝子: cbaA, TTHA1135 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ79, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c ba(3) subunit II / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Cytochrome cba3 subunit 2


分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
遺伝子: cbaB, ctaC, TTHA1134 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ80, cytochrome-c oxidase

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase polypeptide 2A / Cytochrome c ba(3) subunit IIA / Cytochrome c oxidase polypeptide IIA / Cytochrome cba3 subunit 2A


分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
遺伝子: cbaD, TTHA1133 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P82543, cytochrome-c oxidase

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非ポリマー , 6種, 154分子

#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-HAS / HEME-AS


分子量: 920.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H64FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.1M MES (pH 5.3), 1.4M NaCl, 39-41% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.2 Å / Num. obs: 49573 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 39.31 Å2 / CC1/2: 0.853 / Net I/σ(I): 3.07
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 4925 / CC1/2: 0.57
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
CrystFELversion 9.0データ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→32.15 Å / SU ML: 0.3242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5082
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 2374 4.79 %
Rwork0.2091 47187 -
obs0.2118 49561 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6294 0 0 135 6429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00886491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2758841
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0535969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.95031067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.350.33431280.26472783X-RAY DIFFRACTION99.93
2.35-2.40.33171250.24912796X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.450.30671200.24952759X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.29531350.23742746X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.580.30741360.22982779X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.660.29851260.2322786X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.29171350.21582760X-RAY DIFFRACTION99.97
2.74-2.840.27261460.20942763X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.960.27661330.20752774X-RAY DIFFRACTION99.97
2.96-3.090.25281770.19522718X-RAY DIFFRACTION99.97
3.09-3.250.26321720.19632747X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.460.22581490.18652779X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.720.25041180.1822791X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.10.25421190.18192799X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.690.23651260.19622814X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.25071530.21132784X-RAY DIFFRACTION100
5.9-32.150.27571760.23882809X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.26257304278 Å / Origin y: 1.70022564511 Å / Origin z: 26.386612537 Å
111213212223313233
T0.298260537764 Å2-0.0175591105999 Å2-0.00348209595504 Å2-0.262909393104 Å20.0441441611464 Å2--0.247508841946 Å2
L1.55179253948 °2-0.239374830948 °2-0.251292818395 °2-0.687475334933 °20.147386314196 °2--0.535486185299 °2
S0.0423611763592 Å °0.198459997144 Å °0.124587168885 Å °-0.0476556284973 Å °-0.0219492561495 Å °-0.133272606582 Å °0.00915460497138 Å °-0.00411784227503 Å °-0.0203451077891 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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