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- PDB-9vd9: Cryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vd9
タイトルCryo-EM structure of the human DSS1-INTAC-PEC complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • (Integrator complex subunit ...) x 9
  • (Negative elongation factor ...) x 4
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • 26S proteasome complex subunit SEM1
  • DNA (45-MER)
  • DNA (48-MER)
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta,DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
  • SER-PRO-LYS-TYR-SER-PRO-THR-SER
  • SER-PRO-THR-SER
  • THR-SER-PRO-SER-TYR-SER-PRO-THR
  • Unknown2
キーワードTRANSCRIPTION / DSS1 / Integrator / INTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / meiotic spindle elongation / NTRK3 as a dependence receptor / microfibril binding / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation ...U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / meiotic spindle elongation / NTRK3 as a dependence receptor / microfibril binding / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / snRNA processing / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / RNA Polymerase III Transcription Termination / female meiotic nuclear division / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / DSIF complex / regulation of transcription by RNA polymerase I / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / protein phosphatase regulator activity / protein antigen binding / integrator complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / negative regulation of stem cell differentiation / GABA receptor binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERKs are inactivated / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / Co-stimulation by CD28 / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / regulation of growth / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / protein dephosphorylation / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / RNA Polymerase I Transcription Termination / Proteasome assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / inner cell mass cell proliferation / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / Co-inhibition by CTLA4 / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : ...Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : / : / Integrator complex subunit 1, RP2B-binding domain / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 1, R3 domain / Integrator complex subunit 1, R4 domain / Integrator complex subunit 1, INTS2-binding domain / Integrator complex subunit 7, C-terminal domain / Integrator complex subunit 7, N-terminal / Integrator complex subunit 7 helical bundle / : / INTS6 beta-barrel domain / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 5 / : / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / INTS8, TPR repeats / Cofactor of BRCA1 / : / : / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / : / : / NELF-A N-terminal domain / TH1 protein / TH1 protein / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / : / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / : / Phosphatase 2A Regulatory Subunit A, helical domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Spt5, KOW domain repeat 6 / : / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / HEAT repeat / HEAT repeat / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / : / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5 C-terminal domain / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / DSS1/SEM1
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT4 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Negative elongation factor C/D / Integrator complex subunit 1 / Negative elongation factor B / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 2 / Negative elongation factor A / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Zheng, H. / Xu, Y. / Cheng, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: DSS1 is required for proper Integrator-PP2A function.
著者: Congling Xu / Qian-Xing Zhou / Hai Zheng / Aixia Song / Wen-Ying Zhao / Ting-Ting Xu / Yan Xiong / Yi-Jie Zhang / Zixuan Huang / Yanhui Xu / Jingdong Cheng / Fei Xavier Chen /
要旨: Integrator-PP2A (INTAC) is a highly modular complex orchestrating the transition of paused RNA polymerase II into productive elongation or promoter-proximal premature termination, with its loss ...Integrator-PP2A (INTAC) is a highly modular complex orchestrating the transition of paused RNA polymerase II into productive elongation or promoter-proximal premature termination, with its loss resulting in transcription dysregulation and genome instability. Here, we identify human DSS1-a flexible 70-residue protein found in multiple functionally diverse complexes including the 26S proteasome-as an integral subunit of the INTAC backbone. Structural analysis of DSS1-INTAC, both alone and in association with paused polymerase, demonstrates intimate interactions between DSS1 and the INTAC backbone. We identify tryptophan 39 of DSS1 as being critical for interacting with INTAC and find that its mutation disrupts DSS1's interaction with INTAC, while maintaining DSS1's interaction with the proteasome. This substitution not only impairs INTAC-dependent transcriptional regulation, but also reveals that INTAC is DSS1's major chromatin-bound form. Together, our findings reveal a role for DSS1 in supporting the structure and regulatory functions of INTAC.
履歴
登録2025年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 26S proteasome complex subunit SEM1
I: Integrator complex subunit 9
K: Integrator complex subunit 11
c: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
B: Integrator complex subunit 2
D: Integrator complex subunit 4
G: Integrator complex subunit 7
m: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
n: THR-SER-PRO-SER-TYR-SER-PRO-THR
P: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
Q: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta,DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
4: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
a: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
b: DNA (48-MER)
d: DNA (45-MER)
e: Negative elongation factor A
f: Negative elongation factor B
g: Negative elongation factor C/D
h: Negative elongation factor E
i: Transcription elongation factor SPT4
j: Transcription elongation factor SPT5
k: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
l: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
A: Integrator complex subunit 1
E: Integrator complex subunit 5
F: Integrator complex subunit 6
H: Integrator complex subunit 8
M: Unknown2
p: SER-PRO-THR-SER
o: SER-PRO-LYS-TYR-SER-PRO-THR-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,065,23951
ポリマ－2,064,45138
非ポリマー78813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 2種, 2分子 02

#1: タンパク質 26S proteasome complex subunit SEM1 / 26S proteasome complex subunit DSS1 / Deleted in split hand/split foot protein 1 / Split hand/foot ...26S proteasome complex subunit DSS1 / Deleted in split hand/split foot protein 1 / Split hand/foot deleted protein 1 / Split hand/foot malformation type 1 protein


分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEM1, C7orf76, DSS1, SHFDG1, SHFM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60896
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta,DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / 3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / DNA-directed RNA ...3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit B / RNA polymerase II subunit 2 / RNA polymerase II subunit B2 / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2


分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: POLR2B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: I3LGP4, UniProt: P30876, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA- ...参照: UniProt: I3LGP4, UniProt: P30876, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA-directed RNA polymerase

+
Integrator complex subunit ... , 9種, 9分子 IKBDGAEFH

#2: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV88
#3: タンパク質 Integrator complex subunit 11 / Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein ...Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein related to CPSF subunits of 68 kDa / RC-68


分子量: 67756.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11, CPSF3L, RC68 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q5TA45, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#5: タンパク質 Integrator complex subunit 2 / Int2


分子量: 134451.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS2, KIAA1287 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0H0
#6: タンパク質 Integrator complex subunit 4 / Int4


分子量: 108306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4, MSTP093 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96HW7
#7: タンパク質 Integrator complex subunit 7 / Int7


分子量: 106952.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS7, C1orf73 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVH2
#32: タンパク質 Integrator complex subunit 1 / Int1


分子量: 244574.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS1, KIAA1440, UNQ1821/PRO3434 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N201
#33: タンパク質 Integrator complex subunit 5 / Int5


分子量: 108115.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS5, KIAA1698 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9B9
#34: タンパク質 Integrator complex subunit 6 / Int6 / DBI-1 / Protein deleted in cancer 1 / DICE1


分子量: 100527.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6, DBI1, DDX26, DDX26A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UL03
#35: タンパク質 Integrator complex subunit 8 / Int8 / Protein kaonashi-1


分子量: 113219.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS8, C8orf52 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q75QN2

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 c

#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')


分子量: 6774.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

+
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 m1379kl

#8: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / 3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / ...RNA polymerase II subunit B1 / 3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 1457.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2A, POLR2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / 3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / ...RNA polymerase II subunit B1 / 3'-5' exoribonuclease / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2A, POLR2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, RNA-directed RNA polymerase
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / DNA-directed RNA polymerase II 33 kDa ...RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / DNA-directed RNA polymerase II 33 kDa polypeptide / RPB33 / DNA-directed RNA polymerase II subunit C / RPB31


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2C, A-152E5.7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19387
#18: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2I / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36954
#20: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / RNA polymerase II subunit B11-a / RPB11a / DNA-directed RNA polymerase II subunit J-1 / RNA ...RNA polymerase II subunit B11-a / RPB11a / DNA-directed RNA polymerase II subunit J-1 / RNA polymerase II 13.3 kDa subunit


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2J, POLR2J1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52435
#30: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit G / RNA polymerase II 19 kDa ...RNA polymerase II subunit B7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit G / RNA polymerase II 19 kDa subunit / RPB19


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2G, RPB7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62487
#31: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit D / RNA polymerase II 16 kDa ...RNA polymerase II subunit B4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit D / RNA polymerase II 16 kDa subunit / RPB16


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15514

+
タンパク質・ペプチド , 4種, 4分子 nMpo

#9: タンパク質・ペプチド THR-SER-PRO-SER-TYR-SER-PRO-THR


分子量: 838.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#36: タンパク質・ペプチド Unknown2


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#37: タンパク質・ペプチド SER-PRO-THR-SER


分子量: 390.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#38: タンパク質・ペプチド SER-PRO-LYS-TYR-SER-PRO-THR-SER


分子量: 866.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

+
Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 2種, 2分子 PQ

#10: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / PP2Aa / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A ...PP2Aa / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 65378.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30153
#11: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35636.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 4568a

#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II 23 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog / XAP4


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19388
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.4 kDa polypeptide / RPABC14.4 / RPB14.4 / RPB6 homolog / RPC15


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2F, POLRF / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61218
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA- ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit H / DNA-directed RNA polymerases I / and III 17.1 kDa polypeptide / RPB17 / RPB8 homolog / hRPB8


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52434
#19: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L / RNA polymerase II 7.6 kDa subunit / RPB7.6 / RPB10 homolog


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62875
#21: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase II subunit K / RNA polymerase II 7.0 kDa subunit / RPB7.0 / RPB10alpha


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2K / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53803

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 bd

#22: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14932.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#23: DNA鎖 DNA (45-MER)


分子量: 13694.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

+
Negative elongation factor ... , 4種, 4分子 efgh

#24: タンパク質 Negative elongation factor A / NELF-A / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 2 protein


分子量: 57343.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H3P2
#25: タンパク質 Negative elongation factor B / NELF-B / Cofactor of BRCA1


分子量: 65779.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB, COBRA1, KIAA1182 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WX92
#26: タンパク質 Negative elongation factor C/D / NELF-C/D / TH1-like protein


分子量: 66315.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXH7
#27: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor E


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

+
Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 ij

#28: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13210.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63272
#29: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00267

+
非ポリマー , 3種, 13分子

#39: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#40: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#41: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DSS1-INTAC-PEC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#38 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26882 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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