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- PDB-9v8e: PPARgamma ligand-binding domain in complex with PG11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v8e
タイトルPPARgamma ligand-binding domain in complex with PG11
要素
  • PG11
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / Nuclear receptor / de novo peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sigal, M. / Okada, C. / Katoh, T. / Suga, H. / Sengoku, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PPARgamma ligand-binding domain in complex with PG11
著者: Sigal, M.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: PG11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6413
ポリマ－33,5352
非ポリマー1061
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.430, 106.430, 59.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31449.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド PG11


分子量: 2085.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate/citrate buffer (pH 5.5) and 30% PEG Smear Low

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→39.7 Å / Num. obs: 42452 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 67.26 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Num. unique obs: 6016 / CC1/2: 0.891

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8HUM

8hum


解像度: 1.7→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.72 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21487 1626 3.8 %RANDOM
Rwork0.17318 ---
obs0.17473 40796 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 10 148 2299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0122186
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9521.8442929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6931.7645010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.765257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.493510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11510410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8762.751068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8752.751069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8834.9221309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8814.9221310
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7943.3031118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7933.3071119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1865.81617
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.67228.152527
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.60527.512494
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 118 -
Rwork0.329 3024 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0522-0.2587-0.25621.8740.45820.16010.0160.17160.1014-0.2140.007-0.0122-0.0816-0.0492-0.0230.11720.03660.00270.09020.02470.0375-6.781944.4751-15.6091
20.17620.55460.08082.50060.33280.0466-0.02820.02090.159-0.1485-0.05520.3502-0.0229-0.01440.08350.05790.0211-0.0240.10150.00220.2312-28.420657.73081.7658
31.7739-1.5097-1.67181.63891.29782.0131-0.0360.0646-0.1318-0.0515-0.09750.3788-0.0604-0.00260.13340.07270.006-0.07230.0554-0.02820.2635-23.719540.3873-4.4227
40.711-0.4613-0.14370.71510.43560.31230.0522-0.0633-0.0548-0.0915-0.0212-0.0292-0.0601-0.0518-0.0310.07520.00470.00130.081-0.01970.0842-14.152137.4676-5.936
52.7949-1.0234-1.69421.09020.21791.2545-0.2093-0.2294-0.20140.14810.11060.13770.08970.1330.09860.1010.04870.02380.09140.0070.0884-22.311850.5798.9969
61.3839-1.2277-0.51151.27040.32880.2762-0.0465-0.10830.10710.02610.1153-0.06780.02470.0266-0.06880.0620.0089-0.00530.0799-0.01460.0852-6.437144.2568-2.2138
71.33510.3242-0.11361.4262-0.10290.04860.1008-0.0111-0.1649-0.0182-0.0705-0.2218-0.01660.0314-0.03040.0514-0.0148-0.00530.0634-0.00430.13480.741732.5701-8.2466
83.47970.2374-0.01970.49520.28030.2055-0.0905-0.398-0.17780.16060.0317-0.05570.08060.03220.05880.09960.0411-0.03160.10660.0150.1488-11.169337.00966.1191
91.955-1.4225-0.32051.43420.24370.05320.0279-0.4048-0.27860.1438-0.06930.5782-0.00120.05830.04150.0807-0.15850.160.3924-0.26910.3938-26.767631.76212.415
103.45560.66140.3711.44350.46140.5880.1999-0.2152-0.5129-0.0889-0.01880.0353-0.1098-0.0994-0.18120.0543-0.01490.00010.0690.03840.1929-22.624517.832-7.8331
113.81320.19720.93840.04860.2341.1723-0.0251-0.0584-0.0006-0.007-0.04090.03-0.0093-0.12040.0660.0513-0.0048-0.03070.0692-0.04330.1479-23.85127.1974-10.6257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A207 - 237
2X-RAY DIFFRACTION2A238 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3A277 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4A303 - 345
5X-RAY DIFFRACTION5A346 - 364
6X-RAY DIFFRACTION6A365 - 392
7X-RAY DIFFRACTION7A393 - 430
8X-RAY DIFFRACTION8A431 - 459
9X-RAY DIFFRACTION9A460 - 476
10X-RAY DIFFRACTION10B2 - 8
11X-RAY DIFFRACTION11B9 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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