PDB-9v8d: PPARgamma ligand-binding domain in complex with PG08

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9v8d

タイトル

PPARgamma ligand-binding domain in complex with PG08

要素

PG08
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor / de novo peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Sigal, M. / Okada, C. / Katoh, T. / Suga, H. / Sengoku, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PPARgamma ligand-binding domain in complex with PG08
著者: Sigal, M.

履歴

登録	2025年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb9v8d.ent.gz	102 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9v8d_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9v8d_full_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示
XML形式データ	9v8d_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	9v8d_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/9v8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/9v8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8humS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: PG08

ヘテロ分子

34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.620, 53.460, 66.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.901, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 31449.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド	PG08 分子量: 2637.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 208分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M KCl, 0.1 M MgCl2, 18% PEG Smear Medium, and 10% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→41.99 Å / Num. obs: 53707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.44→1.53 Å / Num. unique obs: 8874 / CC_1/2: 0.632

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8HUM

8hum

解像度: 1.44→41.986 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.665 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	2002	3.729 %
R_work	0.1717	51687	-
all	0.173	-	-
obs	-	53689	99.993 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.921 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.283 Å²	0 Å²	0.104 Å²
2-	-	0.597 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.321 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→41.986 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2214	0	21	205	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.837	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.755	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.525	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.563	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.947	10	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.978	10	99
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	364
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.039	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.336	0.954	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.334	0.953	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.192	1.69	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.193	1.69	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.273	1.285	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.272	1.285	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.546	2.201	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.545	2.201	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.218	13.227	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.128	11.599	2639

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.44-1.477	0.272	147	0.294	3759	0.294	3909	0.95	0.948	99.9233	0.296
1.477-1.518	0.295	145	0.246	3720	0.247	3865	0.961	0.968	100	0.243
1.518-1.562	0.264	137	0.232	3630	0.233	3767	0.965	0.971	100	0.226
1.562-1.61	0.205	137	0.208	3492	0.208	3629	0.972	0.976	100	0.198
1.61-1.662	0.244	129	0.187	3369	0.189	3498	0.966	0.98	100	0.173
1.662-1.721	0.2	125	0.171	3318	0.172	3443	0.978	0.982	100	0.156
1.721-1.785	0.215	134	0.166	3142	0.168	3276	0.97	0.984	100	0.152
1.785-1.858	0.17	121	0.158	3069	0.158	3190	0.982	0.985	100	0.144
1.858-1.941	0.178	102	0.153	2921	0.153	3023	0.985	0.986	100	0.141
1.941-2.035	0.183	111	0.158	2812	0.159	2923	0.982	0.987	100	0.149
2.035-2.145	0.187	106	0.154	2666	0.155	2772	0.984	0.988	100	0.148
2.145-2.275	0.166	96	0.147	2515	0.148	2611	0.984	0.989	100	0.144
2.275-2.431	0.168	93	0.145	2397	0.145	2490	0.983	0.989	100	0.144
2.431-2.625	0.195	83	0.144	2213	0.146	2296	0.977	0.988	100	0.147
2.625-2.875	0.156	77	0.155	2044	0.155	2121	0.985	0.986	100	0.163
2.875-3.212	0.203	75	0.178	1840	0.179	1915	0.978	0.981	100	0.193
3.212-3.706	0.172	67	0.167	1646	0.167	1713	0.981	0.983	100	0.188
3.706-4.53	0.186	56	0.149	1396	0.15	1452	0.982	0.987	100	0.177
4.53-6.369	0.322	38	0.216	1100	0.219	1138	0.972	0.982	100	0.269
6.369-41.986	0.273	23	0.2	638	0.202	661	0.963	0.978	100	0.267

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2348	-0.0234	-1.3415	1.1924	-0.2845	2.2933	-0.011	0.209	0.0031	-0.1012	0.0479	0.1691	0.1781	-0.2455	-0.0369	0.1547	-0.0269	-0.0339	0.0481	-0.0109	0.0957	-20.701	-9.116	-6.56
2	5.2166	4.9636	-3.1451	4.9783	-4.3067	9.004	0.0624	0.3972	-0.0081	-0.0332	0.39	0.0976	0.6901	-0.542	-0.4524	0.3864	-0.1137	0.0068	0.1833	-0.0537	0.0666	-14.133	-20.669	-26.986
3	1.6618	0.7878	-0.8346	7.0736	1.9762	1.2629	-0.1012	0.4776	0.0015	-0.2219	0.0459	0.1782	-0.0403	-0.2994	0.0553	0.2608	-0.0146	0.0059	0.2423	0.0101	0.026	-8.161	-9.421	-36.973
4	3.4294	-0.7982	-3.4526	1.5026	2.1911	6.0292	0.0474	0.2425	-0.0448	-0.3801	0.0515	-0.0233	-0.17	0.0174	-0.099	0.2513	0.0119	0.015	0.0755	-0.0072	0.0772	-10.716	-0.185	-21.809
5	0.7734	-0.6098	-0.2981	2.2324	0.4849	0.9433	0.0339	0.0435	0.0481	-0.1681	-0.027	-0.0477	-0.0132	0.0246	-0.007	0.1452	0.0069	-0.0078	0.0107	0.0009	0.0861	-11.012	4.11	-8.636
6	2.9605	0.7979	-1.2856	1.3814	-0.3883	4.7422	-0.1302	0.232	-0.014	-0.083	0.0147	-0.1631	0.3439	0.3127	0.1156	0.2249	0.0494	0.0052	0.0994	-0.0237	0.0667	-3.367	-13.249	-24.619
7	5.3534	-0.0216	-3.306	1.4737	-0.2613	7.3637	-0.0388	-0.07	0.0648	-0.0496	0.0233	-0.1998	0.1859	0.5406	0.0154	0.166	0.0548	-0.0027	0.079	-0.0181	0.1158	-2.062	-14.131	-11.74
8	0.9224	0.8422	-0.2074	2.8002	-0.5026	0.7432	0.0238	-0.0306	-0.016	0.0717	-0.026	-0.0753	0.0133	0.0498	0.0022	0.1218	0.0005	-0.0156	0.0039	-0.0011	0.0964	-11.648	-3.177	1.763
9	2.0022	1.8149	-1.0038	3.0813	-2.5063	4.0066	-0.1195	0.0895	0.1181	-0.1704	-0.0493	-0.2567	0.0282	0.1716	0.1688	0.1523	0.0361	0.0183	0.0711	0.0435	0.1937	0.772	-4.284	-9.261
10	6.2466	2.299	-0.0843	0.9588	0.5592	7.9481	-0.0524	0.3402	-0.0494	-0.1323	0.1445	-0.149	0.2052	0.7198	-0.0921	0.3311	0.062	0.1743	0.1869	0.0437	0.2632	-0.862	7.473	-22.679
11	9.5227	5.4466	-0.1862	6.5645	2.6181	14.4658	0.1574	0.2753	0.5345	-0.0559	-0.1659	0.0572	-0.909	0.4011	0.0084	0.2323	-0.0479	0.0366	0.0771	0.0487	0.1435	-7.455	19.744	-11.315
12	10.1548	1.8576	-1.7373	2.114	-0.6716	3.8072	0.0759	0.1522	0.0192	-0.2259	-0.0971	0.0004	0.0117	-0.0548	0.0212	0.1695	0.0246	0.0119	0.0566	0.0093	0.0761	-15.705	13.177	-15.166

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	207 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	239 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	252 - 276
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	277 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	303 - 333
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	334 - 364
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	365 - 377
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	378 - 430
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	431 - 457
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	458 - 477

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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