PDB-9v7k: Phycobilisome allophycocyanin hexamer C from Gloeobacter violaceu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9v7k

タイトル

Phycobilisome allophycocyanin hexamer C from Gloeobacter violaceus PCC 7421

要素

(Allophycocyanin ...) x 2
Glr1262 protein
Glr2806 protein
Phycobiliprotein ApcE
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Phycobilisome

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Burtseva, A.D. / Baymukhametov, T.N. / Slonimskiy, Y.B. / Popov, V.O. / Sluchanko, N.N. / Boyko, K.M.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and quenching of a bundle-shaped phycobilisome
著者: Burtseva, A.D. / Slonimskiy, Y.B. / Baymukhametov, T.N. / Sinetova, M.A. / Maksimov, E.G. / Popov, V.O. / Boyko, K.M. / Sluchanko, N.N.

履歴

登録	2025年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月24日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9v7k.cif.gz	485.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9v7k.ent.gz	371.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9v7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9v7k_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9v7k_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	9v7k_validation.xml.gz	85.3 KB	表示
CIF形式データ	9v7k_validation.cif.gz	120.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/9v7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/9v7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	64816MC 64812C 64813C 64814C 64815C 64817C 64828C 64851C 64852C 64868C 9v7gC 9v7hC 9v7iC 9v7jC 9v7lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

1: Phycobiliprotein ApcE

Z: Glr1262 protein

A: Allophycocyanin alpha subunit

B: Allophycocyanin beta subunit

C: Allophycocyanin alpha subunit

D: Allophycocyanin beta subunit

E: Allophycocyanin alpha subunit

F: Allophycocyanin beta subunit

G: Allophycocyanin alpha subunit

H: Allophycocyanin beta subunit

I: Allophycocyanin alpha subunit

J: Allophycocyanin beta subunit

K: Allophycocyanin alpha subunit

L: Allophycocyanin beta subunit

M: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

X: Glr2806 protein

ヘテロ分子

527 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
タンパク質 , 4種, 4分子 1ZMX

#1: タンパク質	Phycobiliprotein ApcE 分子量: 130002.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NL81
#2: タンパク質	Glr1262 protein 分子量: 92127.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NL64
#5: タンパク質	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core 分子量: 7765.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NL78
#6: タンパク質	Glr2806 protein 分子量: 81544.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NGT2

-
Allophycocyanin ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#3: タンパク質	Allophycocyanin alpha subunit 分子量: 17555.062 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NL80
#4: タンパク質	Allophycocyanin beta subunit 分子量: 17241.664 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 参照: UniProt: Q7NL79

-
非ポリマー , 1種, 12分子

#7: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Bundle-shaped phycobilisome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)
緩衝液	pH: 7
緩衝液成分	濃度: 50 mM / 名称: Tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride / 式: Tris-HCl
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 85000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 3.9 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany).
画像スキャン	横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
2	SerialEM	4.04	画像取得
4	Warp	1.0.9	CTF補正
11	cryoSPARC	4.7	最終オイラー角割当
13	cryoSPARC	4.7	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 746972 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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