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- PDB-9v55: Structure of TolC, YbjP, and AcrA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v55
タイトルStructure of TolC, YbjP, and AcrA complex
要素
  • Multidrug efflux pump subunit AcrA
  • Outer membrane protein TolC
  • Uncharacterized lipoprotein YbjP
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Multidrug efflux pump / TolC / YbjP / AcrA / AcrB / lipoprotein / antibiotic resistance / Gram-negative
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / porin activity / bile acid and bile salt transport / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / fatty acid transport / cell outer membrane / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / : ...Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit AcrA / Uncharacterized lipoprotein YbjP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Ge, X.F. / Gu, Z.W. / Wang, J.W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms of pump assembly and drug transport in the AcrAB-TolC efflux system
著者: Ge, X. / Gu, Z. / Wang, J.
履歴
登録2025年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C1: Outer membrane protein TolC
C2: Outer membrane protein TolC
C3: Outer membrane protein TolC
P1: Uncharacterized lipoprotein YbjP
P2: Uncharacterized lipoprotein YbjP
P3: Uncharacterized lipoprotein YbjP
A1: Multidrug efflux pump subunit AcrA
A2: Multidrug efflux pump subunit AcrA
A3: Multidrug efflux pump subunit AcrA
a2: Multidrug efflux pump subunit AcrA
a1: Multidrug efflux pump subunit AcrA
a3: Multidrug efflux pump subunit AcrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,81512
ポリマ－471,81512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit TolC / Outer membrane factor TolC


分子量: 53783.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein YbjP


分子量: 19013.287 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: ybjP, b0865, JW0849 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75818
#3: タンパク質
Multidrug efflux pump subunit AcrA / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrA / Acridine resistance protein A


分子量: 42237.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrA, lir, mtcA, b0463, JW0452 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AE06
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TolC-YbjP-AcrABZ complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17043 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 97.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004229451
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60940056
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03924746
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00345310
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.67214125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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