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- PDB-9v4j: Prenyltransferase Ord1 Wild type-FSPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v4j
タイトルPrenyltransferase Ord1 Wild type-FSPP
要素prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase
機能・相同性Chem-FPS
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. KS84 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Oshiro, T. / Uehara, S. / Ito, T. / Tanaka, Y. / Kodera, Y. / Matsui, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17KK0141 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06036 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Structure-Activity Relationship of an All-alpha-helical Prenyltransferase Reveals the Mechanism of Indole Prenylation.
著者: Oshiro, T. / Uehara, S. / Suto, A. / Tanaka, Y. / Ito, T. / Kodera, Y. / Matsui, T.
履歴
登録2025年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: prenyltransferase
B: prenyltransferase
C: prenyltransferase
D: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,76514
ポリマ－144,7814
非ポリマー98310
水3,783210
1
A: prenyltransferase
C: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6115
ポリマ－72,3912
非ポリマー2203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: prenyltransferase
D: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1549
ポリマ－72,3912
非ポリマー7637
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.100, 72.560, 84.220
Angle α, β, γ (deg.)94.040, 69.480, 90.040
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 10 through 325)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 10 through 166 or resid 168...
d_1ens_2(chain "C" and (resid 48 through 89 or resid 106 through 327))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 48 through 89 or resid 106...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAPROPROAA10 - 32510 - 325
d_21ens_1ALAALACYSCYSBB10 - 16610 - 166
d_22ens_1VALVALMETMETBB168 - 222168 - 222
d_23ens_1THRTHRLEULEUBB243 - 264243 - 264
d_24ens_1GLUGLUPROPROBB274 - 325274 - 325
d_11ens_2METMETASPASPCC48 - 8948 - 89
d_12ens_2GLUGLUARGARGCC106 - 327106 - 327
d_21ens_2METMETASPASPDD48 - 8948 - 89
d_22ens_2GLUGLUMETMETDD106 - 222106 - 222
d_23ens_2THRTHRALAALADD243 - 266243 - 266
d_24ens_2GLUGLUARGARGDD274 - 327274 - 327

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99996984179511, -0.0028248816709185, 0.00723433091634), (-0.002847252809316, -0.99999119123164, 0.0030839277813129), (0.0072255554597309, -0.0031044327446121, -0.99996907644468)29.621685927883, -31.72919903582, 15.213614725681
2given(0.99712918900299, -0.075143695948472, -0.0093169414208679), (-0.07503030542519, -0.99710934400467, 0.011975364978803), (-0.010189882533131, -0.011241933008893, -0.99988488599247)28.352377154307, -31.604124585081, 14.711474116708

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
prenyltransferase


分子量: 36195.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. KS84 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE


分子量: 398.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.045 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-h-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 86258 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.71
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 13824 / CC1/2: 0.746 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2.4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9V4G

9v4g


解像度: 2→44.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.4056
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 4203 4.87 %
Rwork0.2382 82052 -
obs0.2412 86255 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8078 0 57 210 8345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00778255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.051111168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05261270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.69623023
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0174527099856
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.4988436873547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.32492400.31994027X-RAY DIFFRACTION91.11
2.03-2.070.3271870.32624059X-RAY DIFFRACTION92.42
2.07-2.110.29641680.31384127X-RAY DIFFRACTION92.93
2.11-2.150.29312060.30474066X-RAY DIFFRACTION92.33
2.15-2.20.33061920.27574104X-RAY DIFFRACTION92.62
2.2-2.250.29632060.26764072X-RAY DIFFRACTION92.46
2.25-2.310.29262020.26954064X-RAY DIFFRACTION92.64
2.31-2.370.32832110.27054122X-RAY DIFFRACTION92.71
2.37-2.440.29962230.25954059X-RAY DIFFRACTION92.4
2.44-2.520.26311970.26754108X-RAY DIFFRACTION93
2.52-2.610.3361980.2584121X-RAY DIFFRACTION92.96
2.61-2.710.31062300.2614066X-RAY DIFFRACTION92.41
2.71-2.840.24742030.24434127X-RAY DIFFRACTION93.1
2.84-2.990.28441910.24834131X-RAY DIFFRACTION93.97
2.99-3.170.30511840.2534164X-RAY DIFFRACTION94.31
3.17-3.420.26922290.24384107X-RAY DIFFRACTION93.43
3.42-3.760.26222260.22594139X-RAY DIFFRACTION93.6
3.76-4.310.25732510.21044114X-RAY DIFFRACTION93.14
4.31-5.420.24551870.20364206X-RAY DIFFRACTION94.73
5.43-44.530.24792150.23184126X-RAY DIFFRACTION93.48
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.582392129143540.258439469071690.103493510129291.09177634121660.430936844548840.42785116176465-0.00467826191581360.0158362333589950.182824029844630.0140890450294840.019723244161978-0.12028577612973-0.0225510190095550.052738076176423-0.00188851908237880.26468858612657-0.0247220509308290.0149591718653650.41972639905849-0.0581618081437970.285114565049720.898137648518030.553157317557320.67460125260315
20.45746690227541-0.19986852219828-0.174425192758021.14903718587520.274915566618910.563340595767490.0094574940160924-0.014050053129304-0.14695171644991-0.0674222515442420.030626527798776-0.137692856101190.0398243842328250.128578636430180.000819218391913390.266890829347230.0111761210302840.0112576853329060.45129347033249-0.0812255358727610.2943919488997531.821260098781-32.6134535912514.974080735706
30.288301137104520.044354263768507-0.202830127293380.765940188315550.349198310085871.04937119476320.127181760367610.16586897523479-0.211845829978050.0090520792276849-0.20579438660698-0.0885560384524850.27866958791541-0.12370960226657-0.0243150290155470.431761531165620.0100865826289090.00499154652232820.66067981905065-0.150187729861630.32525150945897-3.1847704829284-26.602188070793-22.677804545574
40.23851168761495-0.0807452086868050.230983379136270.919836021951380.243365212789271.15141786149320.075553872296415-0.239095394496260.156073036586160.07850404775037-0.089044036712274-0.18383824750928-0.25614469069084-0.20043647908317-0.0238406874098450.39898635598775-0.0268729320734990.0469049600827460.66150138907837-0.116061571821420.3268516857334927.835488090624-5.100837753879638.547681131673
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 5:401)AA5 - 3251 - 283
22(chain B and resseq 10:402)BB10 - 3301 - 297
33(chain C and resseq 47:401)CC47 - 3271 - 240
44(chain D and resseq 40:402)DD40 - 3341 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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