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- PDB-9v4h: Prenyltransferase Ord1 Q216A-FSPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v4h
タイトルPrenyltransferase Ord1 Q216A-FSPP
要素prenyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Prenyltransferase
機能・相同性Chem-FPS
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. KS84 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oshiro, T. / Uehara, S. / Ito, T. / Tanaka, Y. / Kodera, Y. / Matsui, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17KK0141 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06036 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Structure-Activity Relationship of an All-alpha-helical Prenyltransferase Reveals the Mechanism of Indole Prenylation.
著者: Oshiro, T. / Uehara, S. / Suto, A. / Tanaka, Y. / Ito, T. / Kodera, Y. / Matsui, T.
履歴
登録2025年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: prenyltransferase
B: prenyltransferase
C: prenyltransferase
D: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,3747
ポリマ－144,5534
非ポリマー8213
水95553
1
A: prenyltransferase
D: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6994
ポリマ－72,2762
非ポリマー4232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: prenyltransferase
C: prenyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6753
ポリマ－72,2762
非ポリマー3981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.930, 71.870, 84.000
Angle α, β, γ (deg.)86.280, 69.390, 89.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 7 through 89 or resid 96 through 325))
d_2ens_1(chain "B" and resid 7 through 325)
d_1ens_2(chain "C" and (resid 45 through 252 or resid 254 through 281 or resid 288 through 331))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 45 through 224 or resid 239 through 331))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROPROASPASPAA7 - 897 - 89
d_12ens_1SERSERPROPROAA96 - 32596 - 325
d_21ens_1PROPROPROPROBB7 - 3257 - 325
d_11ens_2GLYGLYARGARGCC45 - 25245 - 252
d_12ens_2PROPROASPASPCC254 - 281254 - 281
d_13ens_2GLYGLYGLUGLUCC288 - 331288 - 331
d_21ens_2GLYGLYTYRTYRDD45 - 22445 - 224
d_22ens_2ASNASNGLUGLUDD239 - 331239 - 331

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99999759886948, 0.0020825222097516, 0.00068217044705833), (0.0020860519398212, -0.99998422555199, -0.0052150776104281), (0.00067129917124679, 0.0052164881313305, -0.99998616870885)0.23151698504964, -38.956689865726, -92.366370757432
2given(0.99948111913032, 0.032105768769561, -0.0025907747320229), (0.032114205600632, -0.99947881278614, 0.0032833809162829), (-0.002484008984878, -0.0033648779051467, -0.99999125360977)0.39851151629333, -37.215196270531, -92.364603899839

-
要素

#1: タンパク質
prenyltransferase


分子量: 36138.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DDBJ LC876682
由来: (組換発現) Streptomyces sp. KS84 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE


分子量: 398.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.24 M Lithium sulfate, 15% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.045 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.045 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,h-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 64136 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.37
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 10294 / CC1/2: 0.767 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2.4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9V4G

9v4g


解像度: 2.2→44.26 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.8567
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 3270 5.1 %
Rwork0.2357 60866 -
obs0.2379 64136 97.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8348 0 49 53 8450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00288531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.645511562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03941318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07013139
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.93716901619265
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.8184232848052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.30751580.30613015X-RAY DIFFRACTION91.64
2.24-2.280.30641620.30253065X-RAY DIFFRACTION92.01
2.28-2.320.32571570.28922994X-RAY DIFFRACTION92.84
2.32-2.370.28961570.29262979X-RAY DIFFRACTION91.92
2.37-2.420.31271620.29053077X-RAY DIFFRACTION93.27
2.42-2.480.28871600.2883047X-RAY DIFFRACTION92.42
2.48-2.540.31561600.27333036X-RAY DIFFRACTION92.96
2.54-2.610.30081590.27553018X-RAY DIFFRACTION92.89
2.61-2.680.29991590.27933011X-RAY DIFFRACTION92.59
2.68-2.770.29461600.27223056X-RAY DIFFRACTION93.51
2.77-2.870.27891600.25653035X-RAY DIFFRACTION92.9
2.87-2.980.28031620.24933077X-RAY DIFFRACTION93.13
2.98-3.120.2941610.25713051X-RAY DIFFRACTION92.88
3.12-3.280.28151600.25923052X-RAY DIFFRACTION93.3
3.28-3.490.26241610.24383055X-RAY DIFFRACTION93.83
3.49-3.760.22931600.22253048X-RAY DIFFRACTION94.05
3.76-4.140.21391620.20613075X-RAY DIFFRACTION93.98
4.14-4.740.20211630.18963087X-RAY DIFFRACTION94.14
4.74-5.960.25721630.2323109X-RAY DIFFRACTION94.07
5.97-44.260.22131610.20633042X-RAY DIFFRACTION93.48
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.644289520492 Å / Origin y: -19.129890364581 Å / Origin z: -46.251960127798 Å
111213212223313233
T0.30561547376217 Å20.010104663492337 Å2-0.013042266507634 Å2-0.49695390714165 Å20.051738940679967 Å2--0.36713309945445 Å2
L0.0081672099053002 °20.031611401210288 °2-0.052113667455926 °2-0.1727874292248 °2-0.3666329490007 °2--1.2643972831093 °2
S0.01653019207242 Å °0.0019632538549314 Å °0.0097823573108242 Å °-0.019859573420452 Å °0.0018208761054634 Å °0.054252090969197 Å °0.038442618265052 Å °-0.050880073214722 Å °7.3415530586347E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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