PDB-9v2a: The Chlamydomonas reinhardtii bicarbonate transporter LciA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9v2a

タイトル

The Chlamydomonas reinhardtii bicarbonate transporter LciA

要素

Low-CO2 inducible protein LCIA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Chlamydomonas reinhardtii / bicarbonate transporters / LciA / CO2-concentrating mechanism

機能・相同性

formate transport / formate transmembrane transporter activity / Formate/nitrite transporter / Formate/nitrite transporter / Aquaporin-like / plasma membrane / Low-CO2 inducible protein LCIA

機能・相同性情報

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å

データ登録者

Yang, Z. / Guo, J. / Zhang, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-guided engineering of novel bicarbonate transporters based on Chlamydomonas reinhardtii LciA
著者: Yang, Z. / Guo, J. / Zhang, P.

履歴

登録	2025年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年11月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年11月26日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9v2a.cif.gz	207.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9v2a.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9v2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9v2a_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9v2a_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9v2a_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	9v2a_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/9v2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/9v2a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	64722MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Low-CO2 inducible protein LCIA

B: Low-CO2 inducible protein LCIA

C: Low-CO2 inducible protein LCIA

D: Low-CO2 inducible protein LCIA

E: Low-CO2 inducible protein LCIA

160 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Low-CO2 inducible protein LCIA / NAR1.2 分子量: 32063.416 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: LciA, CHLRE_06g309000v5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q75NZ3
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Low-CO2 inducible protein LciA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169175 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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