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- PDB-9v14: crystal structure of the enzyme-product complex of L-azetidine-2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v14
タイトルcrystal structure of the enzyme-product complex of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase
要素L-azetidine-2-carboxylate hydrolase
キーワードHYDROLASE / azetidine-2-carboxylate / alpha/beta hydrolase / dehalogenase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on halide bonds, in C-halide compounds / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / : / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-AMINO-2-HYDROXYBUTANOIC ACID / FORMIC ACID / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-azetidine-2-carboxylate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. A2C (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.93 Å
データ登録者Toyoda, M. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Wackett, L.P. / Esaki, N. / Kurihara, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Research for the crystal structure of L-azetidine-2-carboxylate hydrolase
著者: Toyoda, M. / Mizutani, K. / Mikami, B. / Wackett, L.P. / Esaki, N. / Kurihara, T.
履歴
登録2025年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-azetidine-2-carboxylate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6798
ポリマ－27,1471
非ポリマー5337
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.347, 71.353, 72.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-azetidine-2-carboxylate hydrolase / 2-haloalkanoic acid dehalogenase / Halocarboxylic acid halidohydrolase / L-2-haloacid dehalogenase


分子量: 27146.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. A2C (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: B2Z3V8, (S)-2-haloacid dehalogenase

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非ポリマー , 7種, 553分子

#2: 化合物 ChemComp-42B / 4-AMINO-2-HYDROXYBUTANOIC ACID


分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22.5% PEG3350, 0.1M imidazole-HCl buffer, 85mM magnesium formate, 50mM sodium azetidine-2-carboxylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.93→50 Å / Num. obs: 165045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 55.2
反射 シェル解像度: 0.93→0.95 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique obs: 8159 / CC1/2: 0.86 / CC star: 0.962 / Rpim(I) all: 0.311 / Rrim(I) all: 0.821 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.93→10 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1403 8232 -
Rwork0.1161 --
obs-156186 94.89 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.93→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 35 546 2496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.93-0.960.25314014X-RAY DIFFRACTION94.91
0.96-0.990.21212418X-RAY DIFFRACTION95
0.99-1.040.16817638X-RAY DIFFRACTION94.9
1.04-1.10.13517198X-RAY DIFFRACTION94.91
1.1-1.20.10821545X-RAY DIFFRACTION94.92
1.2-1.30.10115463X-RAY DIFFRACTION94.89
1.3-1.50.09420042X-RAY DIFFRACTION95.25
1.5-1.80.08615770X-RAY DIFFRACTION94.93
1.8-2.40.10412684X-RAY DIFFRACTION95.14
2.4-50.1188416X-RAY DIFFRACTION94.98
5-100.189998X-RAY DIFFRACTION96.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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