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- PDB-9uws: Crystal structure of human galectin-10 produced by cell-free prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uws
タイトルCrystal structure of human galectin-10 produced by cell-free protein synthesis in complex with trehalose
要素Galectin-10
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Galectin / CLC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / : / carbohydrate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Galectin-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Kojima, M. / Ueno, T. / Abe, S. / Hirata, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Small Struct / 年: 2025
タイトル: Cell-Free Protein Crystallization Enables Rapid Structure Determination of Disaccharides and Trisaccharides Using Galectin-10 Crystals.
著者: Kojima, M. / Yao, X. / Abe, S. / Furuta, T. / Hirata, K. / Kobayashi, R. / Suzuki, T. / Ueno, T.
履歴
登録2025年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1247
ポリマ－16,4721
非ポリマー6536
水1,53185
1
A: Galectin-10
ヘテロ分子

A: Galectin-10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,24914
ポリマ－32,9442
非ポリマー1,30512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)49.150, 49.150, 262.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

21A-474-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein / CLC / Eosinophil lysophospholipase / Lysolecithin acylhydrolase


分子量: 16471.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q05315
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / 詳細: cell-free crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 18544 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 21.23 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Num. unique obs: 3009 / CC1/2: 0.543 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→28.12 Å / SU ML: 0.2136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.6834
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1840 10 %
Rwork0.2121 16556 -
obs0.2157 18396 95.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→28.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1138 0 43 85 1266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15121674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0708186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8052167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.830.31811340.29891188X-RAY DIFFRACTION92.13
1.83-1.880.33581350.2871235X-RAY DIFFRACTION96.28
1.88-1.940.30451400.28971255X-RAY DIFFRACTION97.48
1.94-2.010.31481380.26911244X-RAY DIFFRACTION97.6
2.01-2.090.28091390.24071256X-RAY DIFFRACTION97.08
2.09-2.190.2681380.2231238X-RAY DIFFRACTION95.29
2.19-2.30.2691410.23041275X-RAY DIFFRACTION97.39
2.3-2.450.26771440.20561293X-RAY DIFFRACTION97.89
2.45-2.640.26131440.21171286X-RAY DIFFRACTION98.55
2.64-2.90.23991450.21071315X-RAY DIFFRACTION97.2
2.9-3.320.23571460.20671317X-RAY DIFFRACTION98.06
3.32-4.180.20611460.18071308X-RAY DIFFRACTION94.23
4.18-28.120.2171500.18181346X-RAY DIFFRACTION88.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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