[日本語] English
万見
- PDB-9uo8: Crystal structure of Keap1 in complex with a small molecule inhibitor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uo8
タイトルCrystal structure of Keap1 in complex with a small molecule inhibitor
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / midbody / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / regulation of autophagy / protein ubiquitination / regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FORMIC ACID / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ishida, H. / Osawa, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22K07131 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24K02169 日本
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2025
タイトル: Development of Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction Inhibitor Activating Intracellular Nrf2 Based on the Naphthalene-2-acetamide Scaffold, and its Anti-Inflammatory Effects.
著者: Yasuda, D. / Toyoshima, K. / Kojima, K. / Ishida, H. / Kaitoh, K. / Imamura, R. / Kanamitsu, K. / Kojima, H. / Funakoshi-Tago, M. / Osawa, M. / Ohe, T. / Hirano, T.
履歴
登録2025年4月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,89411
ポリマ－63,3052
非ポリマー1,5909
水8,017445
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5167
ポリマ－31,6521
非ポリマー8646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3784
ポリマ－31,6521
非ポリマー7263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.979, 75.096, 110.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 31652.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-A1L9D / 4-ethoxy-~{N}-[4-[(4-ethoxyphenyl)sulfonylamino]-3-(2-oxidanylidene-2-pyrrol-1-yl-ethyl)naphthalen-1-yl]benzenesulfonamide


分子量: 633.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31N3O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M Sodium formate pH7.0, 0.1 M Tris-HCl pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.71 Å / Num. obs: 91640 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 4536 / CC1/2: 0.482

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X2J

1x2j


解像度: 1.8→46.56 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2342 4611 5.03 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2052 91623 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 0 445 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9386251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.328660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008814
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.3121630.29372882X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.840.30831660.27992865X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.860.32011490.27562880X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.32021480.26232909X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.25251470.26172882X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.940.28661660.25142914X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.970.26061570.23482884X-RAY DIFFRACTION100
1.97-20.27031510.22872865X-RAY DIFFRACTION100
2-2.030.25721760.22552912X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.25761470.21992851X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.10.29291450.22012910X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.130.23921520.21662850X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.180.23981490.20872878X-RAY DIFFRACTION98
2.18-2.220.24471570.20192902X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.270.20941350.20922904X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.320.2481520.21012867X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.380.27481470.2122920X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.440.26711450.21692933X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.510.26961350.21792930X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.23051810.20952831X-RAY DIFFRACTION99
2.6-2.690.251700.21182929X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.80.24181570.2082889X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.920.1951640.21032908X-RAY DIFFRACTION99
2.92-3.080.26681560.22532857X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.270.25461380.20952918X-RAY DIFFRACTION99
3.27-3.520.24071570.19022925X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.880.2031440.17622935X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.1911750.15612910X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.17351340.16112970X-RAY DIFFRACTION99
5.59-46.560.20021480.20383002X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る