PDB-9ui2: Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 transaldolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ui2

タイトル

Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 transaldolase

要素

Probable transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / nonulose / octulose / transaldolase / rare sugar

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kamitori, S.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Synthetic Study of 8- and 9-Carbon Sugars by Transaldolase.
著者: Yoshihara, A. / Miyoshi, E. / Tomino, S. / Hanaki, Y. / Mochizuki, S. / Yoshida, H. / Izumori, K. / Kamitori, S.

履歴

登録	2025年4月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ui2.cif.gz	856 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ui2.ent.gz	715.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ui2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ui2_validation.pdf.gz	567.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ui2_full_validation.pdf.gz	595.9 KB	表示
XML形式データ	9ui2_validation.xml.gz	109.4 KB	表示
CIF形式データ	9ui2_validation.cif.gz	143.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/9ui2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/9ui2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9lkpC 9ll3C 3s1vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

F: Probable transaldolase

G: Probable transaldolase

H: Probable transaldolase

I: Probable transaldolase

J: Probable transaldolase

ヘテロ分子

266 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.380, 173.380, 422.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Probable transaldolase 分子量: 26223.264 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: tal, TTHA1066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJE8, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.26 M (NH4)SO4, 0.2 M LiSO4, 0.1 M Tris-HCl pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→49.75 Å / Num. obs: 402504 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 29603 / CC_1/2: 0.89 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3S1V

3s1v

解像度: 1.7→49.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.919 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21109	20239	5 %	RANDOM
R_work	0.18942	-	-	-
obs	0.19051	382265	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.653 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→49.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17050	0	203	1482	18735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.012	17507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	17345
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.693	1.829	23738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.25	1.742	39917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7	5	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.893	5	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.729	10	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	20150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.373	2.213	8990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.373	2.213	8990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.345	3.948	11220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.345	3.948	11221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.39	2.747	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.39	2.747	8518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.368	4.788	12519
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.605	23.49	19867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.573	22.28	19483
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	1435	-
R_work	0.276	28129	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2263	0.2264	-0.036	0.3738	-0.0653	0.1103	0.0238	-0.0373	-0.0051	0.0366	-0.0086	0.0188	-0.0919	-0.0655	-0.0152	0.0918	0.0506	-0.019	0.0573	0.0243	0.0722	61.229	55.7328	122.9098
2	0.2479	-0.0064	-0.149	0.0126	-0.0287	0.3116	0.0399	0.0117	-0.0147	-0.0058	-0.0049	0.0155	-0.1523	-0.0293	-0.035	0.1593	0.0392	-0.0208	0.012	-0.0021	0.0714	72.5959	67.815	91.7017
3	0.0559	-0.122	-0.0137	0.3117	0.0796	0.1716	0.0237	0.0015	-0.0115	-0.0682	0.0043	0.0001	-0.0209	-0.0031	-0.028	0.0943	0.033	-0.0366	0.0196	-0.0145	0.0905	79.9794	39.936	71.2952
4	0.0885	-0.0101	-0.0012	0.1175	-0.1296	0.3135	0.0571	-0.0063	-0.0381	-0.0509	0.0072	0.0464	0.0821	-0.014	-0.0644	0.0976	0.0059	-0.0657	0.0065	0.0026	0.1014	73.1543	10.604	89.8126
5	0.0607	0.0141	0.0281	0.129	0.115	0.3565	0.0216	-0.0312	-0.0331	0.0145	0.0215	0.0175	0.0184	-0.0656	-0.0431	0.0534	-0.013	-0.0367	0.047	0.0505	0.1097	61.6538	20.3834	121.751
6	0.1322	0.1804	0.0688	0.7275	-0.161	0.1935	-0.0012	-0.0749	-0.0329	0.1005	0.0562	0.0653	-0.0808	-0.1466	-0.055	0.0486	0.0695	0.0142	0.1641	0.0807	0.0977	28.7218	47.6471	115.2156
7	0.0329	-0.1072	-0.0373	0.3795	0.2358	0.5895	0.0002	-0.0197	-0.0441	0.036	0.0298	0.1065	0.0971	-0.1758	-0.0299	0.0339	-0.0492	-0.0488	0.1179	0.0808	0.1694	32.8167	14.1087	104.5736
8	0.0226	-0.0748	0.0394	0.4102	-0.4319	0.9265	0.0533	-0.01	-0.0375	-0.1657	0.0359	0.1111	0.1569	-0.1092	-0.0893	0.1302	-0.0265	-0.13	0.0424	0.0208	0.1474	44.9255	14.6428	71.2865
9	0.1063	-0.1859	0.068	0.3551	-0.1673	0.1889	0.0403	-0.0038	-0.0332	-0.034	0.0451	0.047	-0.0006	-0.0758	-0.0854	0.0901	0.0579	-0.067	0.0721	-0.0014	0.1154	48.6295	48.4249	61.4954
10	0.0917	-0.0578	0.089	0.0386	-0.0619	0.1058	-0.0266	-0.0451	-0.0394	0.0182	0.0255	0.0149	-0.0464	-0.0415	0.001	0.103	0.0907	-0.0275	0.0998	0.0141	0.0831	38.0986	68.7681	88.2774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 223
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-2 - 223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 223
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-2 - 223
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-1 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-2 - 223
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-2 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-2 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-2 - 223

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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