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万見
- PDB-9uhd: Structure of FAM92A BAR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9uhd
タイトルStructure of FAM92A BAR domain
要素CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm annulus / inner mitochondrial membrane organization / ciliary transition zone / limb morphogenesis / positive regulation of smoothened signaling pathway / cilium assembly / centriole / spermatogenesis / mitochondrial inner membrane / ciliary basal body ...sperm annulus / inner mitochondrial membrane organization / ciliary transition zone / limb morphogenesis / positive regulation of smoothened signaling pathway / cilium assembly / centriole / spermatogenesis / mitochondrial inner membrane / ciliary basal body / cilium / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CBY1-interacting BAR domain-containing protein/FAM92 / CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1/2, BAR domain / FAM92 protein / AH/BAR domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Xu, X. / Ren, J. / Li, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32471271 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Dimerization of the BAR domain-containing protein FAM92A modulates lipid binding and interaction with CBY1.
著者: Xu, X. / Ren, J. / Li, J.
履歴
登録2025年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2331
ポリマ－25,2331
非ポリマー00
水2,684149
1
A: CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1

A: CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4652
ポリマ－50,4652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area5210 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.270, 132.270, 67.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-377-

HOH

21A-421-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CBY1-interacting BAR domain-containing protein 1


分子量: 25232.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cibar1, Fam92a, Fam92a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BP22
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% w/v polyethylene glycol 3350, 10 mM magnesium chloride hexahydrate and 5 mM nickel (II) chloride hexahydrate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→58.32 Å / Num. obs: 34469 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 677791
反射 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 2.499 / Num. measured all: 50858 / Num. unique obs: 2526 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.571 / Rrim(I) all: 2.564 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.21→58.32 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 1762 5.12 %
Rwork0.188 --
obs0.1894 34418 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→58.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 0 149 1886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1442362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.541235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.21-2.270.39831270.35112478X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.340.27331660.27252460X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.410.27991420.2452461X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.50.26281290.23182505X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.60.28141370.22742494X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.720.24771300.19622506X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.20461400.17792475X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.040.20841150.18392512X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.270.22361230.18922536X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.21551340.17662516X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.20081350.16772548X-RAY DIFFRACTION100
4.12-5.190.18761190.15242558X-RAY DIFFRACTION100
5.2-58.320.18261650.18992607X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20751.15960.65728.46764.9732.2788-0.03410.03030.0090.0007-0.16860.6930.0403-0.10160.17040.388-0.0181-0.01050.34140.02230.366664.237-13.72714.209
20.57091.76260.98526.2573.71362.045-0.0013-0.1264-0.0333-0.5549-0.13640.0657-0.2705-0.18050.07910.4138-0.0237-0.01350.39390.03840.368864.227-17.5124.715
30.76931.28370.90334.32892.75452.0266-0.12150.11520.017-0.31520.2837-0.0653-0.23050.2081-0.27370.3538-0.01720.03370.39620.02270.353272.382-20.1585.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:61 )A2 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 62:140 )A62 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 141:214 )A141 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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