PDB-9udp: Single-chain Fv antibody of B2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9udp

タイトル

Single-chain Fv antibody of B2

要素

Single-chain Fv antibody of B2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIGEN BINDING / AFFINITY MATURATION / SOMATIC HYPERMUTATION

機能・相同性

FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.48 Å

データ登録者

Yoshida, M. / Hanazono, Y. / Numoto, N. / Ito, N. / Oda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibodies during affinity maturation
著者: Yoshida, M. / Hanazono, Y. / Numoto, N. / Yabuno, S. / Ito, N. / Azuma, T. / Oda, M.

履歴

登録	2025年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9udp.cif.gz	125 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9udp.ent.gz	85 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9udp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9udp_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9udp_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	9udp_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	9udp_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/9udp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/9udp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9udnC 9udoC 9udrC 9udsC 9udtC 9uduC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Single-chain Fv antibody of B2

ヘテロ分子

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.762, 71.956, 81.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Single-chain Fv antibody of B2 分子量: 25803.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 39699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1911 / CC_1/2: 0.756 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.48→31.99 Å / SU ML: 0.1137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1743	1982	5 %
R_work	0.1556	37641	-
obs	0.1565	39623	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.48→31.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	27	223	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	1991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0722	2726
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	348
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2928	731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.48-1.52	0.2379	138	0.2278	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.56	0.2396	139	0.2074	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.2104	141	0.1931	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.66	0.2103	138	0.1821	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.66-1.71	0.2055	141	0.1716	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.71-1.78	0.1731	140	0.16	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.78-1.86	0.2096	140	0.1485	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.96	0.1702	140	0.1399	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.09	0.1473	141	0.1346	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.09-2.25	0.1589	142	0.142	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.25-2.47	0.161	143	0.1479	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.83	0.1747	143	0.1473	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.57	0.1503	144	0.1453	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-31.99	0.1773	152	0.1612	2876	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.523888519325	0.199399890038	0.0146702146788	0.477333005404	0.39056661503	0.689310525447	0.0358196624245	0.0343648812812	-0.0301765499056	-0.0622498919859	-0.0108069421539	0.00934867450308	-0.0289501390524	0.00904629324137	0.000214514011012	0.112684471851	0.00895545913524	-0.00745079824192	0.100966539687	-0.00473272400428	0.10368275414	14.8565332839	9.03138607127	23.9291852776
2	0.49356003494	-0.226033574681	0.0703127004232	0.961241245917	0.236482289632	0.833327668554	-0.0328768960374	-0.0237774496495	0.00429154994888	0.0196876394888	-0.0147514323588	0.00976964334767	0.0268364083277	-0.0219991439017	-0.00262027425091	0.0967143980024	-0.00993385164816	0.00929682756357	0.10774702245	-0.00885919894476	0.101467122755	12.7985681971	-6.81482882519	10.4268118764

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 112 )	2 - 112	1 - 111
2	2	chain 'A' and (resid 128 through 245 )	128 - 245	112 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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