PDB-9udn: Single-chain Fv antibody of F8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9udn

タイトル

Single-chain Fv antibody of F8

要素

Single-chain Fv antibody of F8

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ANTIGEN BINDING / AFFINITY MATURATION / SOMATIC HYPERMUTATION

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Yoshida, M. / Hanazono, Y. / Numoto, N. / Ito, N. / Oda, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibodies during affinity maturation
著者: Yoshida, M. / Hanazono, Y. / Numoto, N. / Yabuno, S. / Ito, N. / Azuma, T. / Oda, M.

履歴

登録	2025年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9udn.cif.gz	120.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9udn.ent.gz	81.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9udn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/9udn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/9udn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9udoC 9udpC 9udrC 9udsC 9udtC 9uduC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Single-chain Fv antibody of F8

25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.730, 35.140, 46.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.630, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- HOH

#1: 抗体	Single-chain Fv antibody of F8 分子量: 25880.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 1.4 M sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 19851 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.81→1.92 Å / R_merge(I) obs: 1.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3194 / CC_1/2: 0.595

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.81→45.8 Å / SU ML: 0.2364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.167
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	988	5 %
R_work	0.1804	18781	-
obs	0.1825	19769	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1782	0	0	122	1904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0148	1872
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4362	2554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3688	667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.91	0.3482	136	0.2739	2595	X-RAY DIFFRACTION	96.84
1.91-2.02	0.2591	142	0.2374	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.03-2.18	0.2286	141	0.1948	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.18-2.4	0.2243	140	0.1912	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.4-2.75	0.2339	143	0.189	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.75-3.46	0.2167	141	0.1748	2679	X-RAY DIFFRACTION	98.29
3.46-45.8	0.1906	145	0.1519	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.13253125477	0.088491804169	-1.17927499566	2.61795376221	-0.994487379433	3.36919136206	0.0129376710037	-0.0564995184416	0.0101679665286	0.0832791713703	-0.0496782730865	-0.136542339843	0.122437973291	0.16965544647	0.0337212949594	0.193918570606	0.01858596538	-0.0278553432362	0.127161058587	-0.00320737462325	0.111668608707	-29.5824438615	18.93380054	13.3713346346
2	2.90845465364	-0.645202165996	-0.204324903489	1.04037490871	-1.14425378531	2.82097480596	-0.0535130255033	0.343253531433	0.617671654638	-0.297194848863	-0.41072943427	-0.933738132466	0.393231968013	0.850377053411	0.12060825967	0.216485097117	0.0997172482444	0.0723110831773	0.453284253829	0.186301153608	0.57516708426	-9.15839425457	15.7327542809	8.46596460694

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 118 )	1 - 118	1 - 118
2	2	chain 'A' and (resid 128 through 245 )	128 - 245	119 - 236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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